SAXSdb — 2o5c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 3

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–653	未记录	5'-D(CPGPCPAPAPCPTPT)-3' × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.5 M (NH4)SO4, 0.1M Sodium citrate, 0.5 M NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.35 Å R-free 0.245
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–653	未记录	5'-D(CPGPCPAPAPCPTPT)-3' × 1 TDR THYMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.5 M (NH4)SO4, 0.1M Sodium citrate, 0.5 M NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.35 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2O5C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11FC E.Coli DNA Topoisomerase 3 in complex with an 8mer ssDNA oligo CTGAACTT 提交 2026-02-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–640（640 aa）	未记录	MLI MALONATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286 K；0.2M Ammonium Citrate Dibasic, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
11GX E.Coli DNA Topoisomerase 3 in complex with an 8mer ssDNA oligo CGCAACTT 提交 2026-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–640（640 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M Sodium Citrate, 20%(w/v) PEG4000, 20% (v/v) 2-Propanol	分辨率 2.22 Å R-free 0.261
11KB E.Coli DNA Topoisomerase 3 in complex with an 8mer ssDNA oligo AACTGTTG 提交 2026-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–640（640 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 FLC CITRATE ANION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M Lithium Acetate, 20%(w/v) PEG3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
11LB E.Coli DNA Topoisomerase 3 in complex with an 8mer ssDNA oligo GCAACTGG 提交 2026-03-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–640（640 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FLC CITRATE ANION × 1 ACT ACETATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Sodium Citrate, 20%(w/V)PEG 4000, 10% (v/v) 2-Propanol	分辨率 1.85 Å R-free 0.212
11YY E.Coli DNA Topoisomerase 3 in complex with an 8mer ssDNA oligo ACTGACTT 提交 2026-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–640（640 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SIN SUCCINIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；289 K；0.2M Ammonium Citrate Dibasic, 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
1D6M CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE III 提交 1999-10-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–653（653 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.3；287 K；1.65M Na, potassium phosphate, pH 6.3, MICRODIALYSIS, temperature 287K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
1I7D NONCOVALENT COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE III WITH AN 8-BASE SINGLE-STRANDED DNA OLIGONUCLEOTIDE 提交 2001-03-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–653（653 aa）	突变：Y328F	CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.3M ammonium sulfate, 0.8M sodium chloride, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.05 Å R-free 0.260
2O19 Structure of E. coli topoisomersae III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glycerol at pH 5.5 提交 2006-11-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–653（653 aa）片段：E. coli topoisomerse III	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.5 M (NH4)SO4, 0.1 M Sodium citrate, 0.5 m NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.45 Å R-free 0.246
2O19 Structure of E. coli topoisomersae III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glycerol at pH 5.5 提交 2006-11-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–653（653 aa）片段：E. coli topoisomerse III	未记录	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.5 M (NH4)SO4, 0.1 M Sodium citrate, 0.5 m NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.45 Å R-free 0.246
2O54 Structure of E. coli topoisomerase III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glycerol at pH 7.0 提交 2006-12-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–653（653 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；1.5 M (NH4)SO4, 0.1 M Sodium citrate, 0.5 M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
2O54 Structure of E. coli topoisomerase III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glycerol at pH 7.0 提交 2006-12-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–653（653 aa）	未记录	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；1.5 M (NH4)SO4, 0.1 M Sodium citrate, 0.5 M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
2O59 Structure of E. coli topoisomerase III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glycerol pH 8.0 提交 2006-12-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–653（653 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；1.5 M (NH4)SO4, 0.1 M Sodium citrate, 0.5 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.258
2O59 Structure of E. coli topoisomerase III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glycerol pH 8.0 提交 2006-12-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–653（653 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；1.5 M (NH4)SO4, 0.1 M Sodium citrate, 0.5 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.258
2O5E Structure of E. coli topoisomerase III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glucose pH 7.0 提交 2006-12-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–653（653 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；1.5 M (NH4)SO4, 0.1M Sodium citrate, 0.5 NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.260
2O5E Structure of E. coli topoisomerase III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glucose pH 7.0 提交 2006-12-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–653（653 aa）	未记录	TDR THYMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；1.5 M (NH4)SO4, 0.1M Sodium citrate, 0.5 NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.260

共 11 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOP3_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–653； UniProt 1–653 作者链 B； PDB构建体 1–653； UniProt 1–653

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2o5c
沉积日期 deposition_date	2006-12-05
结构标题 title	Structure of E. coli topoisomerase III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glucose pH 5.5
关键词 keywords	topoisomerase type IA complex with ssDNA, ISOMERASE-DNA COMPLEX; ISOMERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.59 Å
零角强度 I(0) i0	342340000.00
分子量 molecular_weight	147120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	182780 Å³
包络体积 envelope_volume	260180 Å³
水化壳体积 shell_volume	54878 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.3 Å
壳层 Rg shell_rg	44.60 Å
包络 Rg envelope_rg	40.04 Å
形状 Rg shape_rg	40.59 Å
总 Rg total_rg	40.80 Å
总原子数 total_atoms	10349
残基数 n_residues	1279
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.8 Å
Rg (实空间) rg_real	40.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	342300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8907
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.815

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(CPGPCPAPAPCPTPT)-3'
分子量 formula_weight	2386.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	10705

CGCAACTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 3
分子量 formula_weight	74151.7 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MRLFIAEKPSLARAIADVLPKPHRKGDGFIECGNGQVVTWCIGHLLEQAQPDAYDSRYARWNLADLPIVPEKWQLQPRPSVTKQLNVIKRFLHEASEIVHAGDPDREGQLLVDEVLDYLQLAPEKRQQVQRCLINDLNPQAVERAIDRLRSNSEFVPLCVSALARARADWLYGINMTRAYTILGRNAGYQGVLSVGRVQTPVLGLVVRRDEEIENFVAKDFFEVKAHIVTPADERFTAIWQPSEACEPYQDEEGRLLHRPLAEHVVNRISGQPAIVTSYNDKRESESAPLPFSLSALQIEAAKRFGLSAQNVLDICQKLYETHKLITYPRSDCRYLPEEHFAGRHAVMNAISVHAPDLLPQPVVDPDIRNRCWDDKKVDAHHAIIPTARSSAINLTENEAKVYNLIARQYLMQFCPDAVFRKCVIELDIAKGKFVAKARFLAEAGWRTLLGSKERDEENDGTPLPVVAKGDELLCEKGEVVERQTQPPRHFTDATLLSAMTGIARFVQDKDLKKILRATDGLGTEATRAGIIELLFKRGFLTKKGRYIHSTDAGKALFHSLPEMATRPDMTAHWESVLTQISEKQCRYQDFMQPLVGTLYQLIDQAKRTPVRQFRGIVAPGSGGSADKKKAAPRKRSAKKSPPADEVGSGAIAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	THYMINE
分子量 formula_weight	126.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	356

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2o5cA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2o5cA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	460 — Topoisomerase I; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 2

结构域编号 domain_id	2o5cA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 3

结构域编号 domain_id	2o5cA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	290 — Topoisomerase I; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 4

结构域编号 domain_id	2o5cB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2o5cB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	460 — Topoisomerase I; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 2

结构域编号 domain_id	2o5cB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 3

结构域编号 domain_id	2o5cB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	290 — Topoisomerase I; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.210 Å
晶胞边长 b length_b	102.210 Å
晶胞边长 c length_c	443.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	29.147 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/o5/2o5c/2o5c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o5/2o5c/2o5c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o5/2o5c/2o5c.dat

Structure of E. coli topoisomerase III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glucose pH 5.5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)