2o7e

Tyrosine ammonia-lyase from Rhodobacter sphaeroides (His89Phe variant), bound to 2-aminoindan-2-phosphonic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative histidine ammonia-lyase

Rhodobacter sphaeroides

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	(2-AMINO-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-2-YL)PHOSPHONIC ACID × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	(2-AMINO-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-2-YL)PHOSPHONIC ACID × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3IWB0_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–521； UniProt 1–523 作者链 B； PDB构建体 1–521； UniProt 1–523 作者链 C； PDB构建体 1–521； UniProt 1–523 作者链 D； PDB构建体 1–521； UniProt 1–523 作者链 E； PDB构建体 1–521； UniProt 1–523 作者链 F； PDB构建体 1–521； UniProt 1–523 作者链 G； PDB构建体 1–521； UniProt 1–523 作者链 H； PDB构建体 1–521； UniProt 1–523

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2o7e
沉积日期 deposition_date	2006-12-11
结构标题 title	Tyrosine ammonia-lyase from Rhodobacter sphaeroides (His89Phe variant), bound to 2-aminoindan-2-phosphonic acid
关键词 keywords	Methylidene imidazolone prosthetic group, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2o7e__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2o7e__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2o7e__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.15 Å
Rg（电子密度）	34.98 Å
总 Rg	35.49 Å
原子数	15284
残基数	2052
排除体积	270160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2o7e__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2o7e__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative histidine ammonia-lyase
分子量 formula_weight	54954.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.3.1.-
突变 mutation	H89F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	33671

MLAMSPPKPAVELDRHIDLDQAHAVASGGARIVLAPPARDRCRASEARLGAVIREARHVYGLTTGFGPLANRLISGENVRTLQANLVHFLASGVGPVLDWTTARAMVLARLVSIAQGASGASEGTIARLIDLLNSELAPAVPSRGTVGXDLTPLAHMVLCLQGRGDFLDRDGTRLDGAEGLRRGRLQPLDLSHRDALALVNGTSAMTGIALVNAHACRHLGNWAVALTALLAECLRGRTEAWAAALSDLRPHPGQKDAAARLRARVDGSARVVRHVIAERRLDAGDIGTEPEAGQDAYSLRCAPQVLGAGFDTLAWHDRVLTIELNAVTDNPVFPPDGSVPALHGGNFMGQHVALTSDALATAVTVLAGLAERQIARLTDERLNRGLPPFLHRGPAGLNSGFMGAQVTATALLAEMRATGPASIHSISTNAANQDVVSLGTIAARLCREKIDRWAEILAILALCLAQAAELRCGSGLDGVSPAGKKLVQALREQFPPLETDRPLGQEIAALATHLLQQSPV

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2-AMINO-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-2-YL)PHOSPHONIC ACID
分子量 formula_weight	213.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3089

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	2o7eA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)

结构域编号 domain_id	2o7eA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (Central domain)

结构域编号 domain_id	2o7eB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)

结构域编号 domain_id	2o7eB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (Central domain)

结构域编号 domain_id	2o7eC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)

结构域编号 domain_id	2o7eC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (Central domain)

结构域编号 domain_id	2o7eD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)

结构域编号 domain_id	2o7eD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (Central domain)

结构域编号 domain_id	2o7eE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)

结构域编号 domain_id	2o7eE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (Central domain)

结构域编号 domain_id	2o7eF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)

结构域编号 domain_id	2o7eF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (Central domain)

结构域编号 domain_id	2o7eG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)

结构域编号 domain_id	2o7eG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (Central domain)

结构域编号 domain_id	2o7eH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)

结构域编号 domain_id	2o7eH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarase/aspartase (Central domain)

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晶胞边长 a length_a	87.571 Å
晶胞边长 b length_b	154.838 Å
晶胞边长 c length_c	164.526 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	500.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1894
R_free r_free	0.2098

Tyrosine ammonia-lyase from Rhodobacter sphaeroides (His89Phe variant), bound to 2-aminoindan-2-phosphonic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative histidine ammonia-lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2o7e__assembly_2__model_1

2o7e__assembly_2__model_1 | I(q)

2o7e__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Tyrosine ammonia-lyase from Rhodobacter sphaeroides (His89Phe variant), bound to 2-aminoindan-2-phosphonic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative histidine ammonia-lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2o7e__assembly_2__model_1

2o7e__assembly_2__model_1 | I(q)

2o7e__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)