SAXSdb — 2obo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HCV NS3 protease

Hepatitis C virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HCV NS4A peptide × 2 （Q9QP06） ZINC ION × 2 BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 ;tert-butyl {(2S)-1-[(1R,2S,5S)-2-{[(2S,3R)-4-amino-1-cyclopropyl-3-hydroxy-4-oxobutan-2-yl]carbamoyl}-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hex-3-yl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl}carbamate ; × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q91RS4_9HEPC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–192； UniProt 1–181 作者链 C； PDB构建体 12–192； UniProt 1–181

HCV NS4A peptide

物种未注明

UniProt Q9QP06

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HCV NS3 protease × 2 （Q91RS4） ZINC ION × 2 BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 ;tert-butyl {(2S)-1-[(1R,2S,5S)-2-{[(2S,3R)-4-amino-1-cyclopropyl-3-hydroxy-4-oxobutan-2-yl]carbamoyl}-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hex-3-yl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl}carbamate ; × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9QP06_9HEPC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–21； UniProt 1678–1696 作者链 D； PDB构建体 3–21； UniProt 1678–1696

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2obo
沉积日期 deposition_date	2006-12-19
结构标题 title	Structure of HEPATITIS C VIRAL NS3 protease domain complexed with NS4A peptide and ketoamide SCH476776
关键词 keywords	ketoamide inhibitor, Viral Protein, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2obo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2obo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2obo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.11 Å
Rg（电子密度）	22.41 Å
总 Rg	23.21 Å
原子数	2800
残基数	375
排除体积	50284 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2obo__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HCV NS3 protease
分子量 formula_weight	21233.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2935

MASMTGGQQMGAPITAYAQQTRGLLGCIITSLTGRDKNQVEGEVQIVSTATQTFLATCINGVCWTVYHGAGTRTIASPKGPVIQMYTNVDQDLVGWPAPQGSRSLTPCTCGSSDLYLVTRHADVIPVRRRGDSRGSLLSPRPISYLKGSSGGPLLCPAGHAVGLFRAAVCTRGVAKAVDFIPVENLETTMRSGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Hepatitis C virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11103
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HCV NS4A peptide
分子量 formula_weight	2394.0 kDa
突变 mutation	C22S
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

KKGSVVIVGRIVLSGKPAIIPKK

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;tert-butyl {(2S)-1-[(1R,2S,5S)-2-{[(2S,3R)-4-amino-1-cyclopropyl-3-hydroxy-4-oxobutan-2-yl]carbamoyl}-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hex-3-yl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl}carbamate ;
分子量 formula_weight	508.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	135

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2oboA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2oboA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2oboC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2oboC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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7. 引用文献 (6)

;Discovery of the HCV NS3/4A protease inhibitor (1R,5S)-N-[3-amino-1-(cyclobutylmethyl)-2,3-dioxopropyl]-3- [2(S)-[[[(1,1-dimethylethyl)amino]carbonyl]amino]-3,3-dimethyl-1-oxobutyl]- 6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-2(S)-carboxamide (Sch 503034) II. Key steps in structure-based optimization. ;

J.Med.Chem. (2007)

PMID: 17444623 · DOI: 10.1021/jm060173k PRIMARY

;Mutations conferring resistance to SCH6, a novel hepatitis C virus NS3/4A protease inhibitor. Reduced RNA replication fitness and partial rescue by second-site mutations. ;

J.Biol.Chem. (2006)

PMID: 16352601 · DOI: 10.1074/jbc.M510246200

;Hepatitis C virus NS3-4A serine protease inhibitors: SAR of P'2 moiety with improved potency. ;

Bioorg.Med.Chem.Lett. (2005)

PMID: 16087332 · DOI: 10.1016/j.bmcl.2005.06.091

Synthesis and biological activity of macrocyclic inhibitors of hepatitis C virus (HCV) NS3 protease.

Bioorg.Med.Chem.Lett. (2005)

PMID: 16112859 · DOI: 10.1016/j.bmcl.2005.07.033

Hepatitis C virus NS3-4A serine protease inhibitors: use of a P2-P1 cyclopropyl alanine combination for improved potency.

Bioorg.Med.Chem.Lett. (2005)

PMID: 16112862 · DOI: 10.1016/j.bmcl.2005.07.009

Crystal structure of the hepatitis C virus NS3 protease domain complexed with a synthetic NS4A cofactor peptide.

Cell(Cambridge,Mass.) (1996)

PMID: 8861917 · DOI: 10.1016/S0092-8674(00)81351-3

晶胞边长 a length_a	224.271 Å
晶胞边长 b length_b	224.271 Å
晶胞边长 c length_c	75.205 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2950

Structure of HEPATITIS C VIRAL NS3 protease domain complexed with NS4A peptide and ketoamide SCH476776

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HCV NS3 protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HCV NS4A peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2obo__assembly_1__model_1

2obo__assembly_1__model_1 | I(q)

2obo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (6)

Structure of HEPATITIS C VIRAL NS3 protease domain complexed with NS4A peptide and ketoamide SCH476776

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HCV NS3 protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HCV NS4A peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2obo__assembly_1__model_1

2obo__assembly_1__model_1 | I(q)

2obo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (6)