SAXSdb — 2odr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phosphoseryl-tRNA synthetase

Methanococcus maripaludis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6LZE1_METMP
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–556； UniProt 1–537 作者链 B； PDB构建体 20–556； UniProt 1–537 作者链 C； PDB构建体 20–556； UniProt 1–537 作者链 D； PDB构建体 20–556； UniProt 1–537

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2odr
沉积日期 deposition_date	2006-12-26
结构标题 title	Methanococcus Maripaludis Phosphoseryl-tRNA synthetase
关键词 keywords	phosphoserine tRNA synthetase class II, Ligase; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2odr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2odr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2odr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.57 Å
Rg（电子密度）	39.32 Å
总 Rg	39.55 Å
原子数	13538
残基数	1858
排除体积	239770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2odr__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	phosphoseryl-tRNA synthetase
分子量 formula_weight	72593.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13538

MGSHHHHHHSSGLVPRGSHMFKREEIIEMANKDFEKAWIETKDLIKAKKINESYPRIKPVFGKTHPVNDTIENLRQAYLRMGFEEYINPVIVDERDIYKQFGPEAMAVLDRCFYLAGLPRPDVGLSDEKISQIEKLGIKVSEHKESLQKILHGYKKGTLDGDDLVLEISNALEISSEMGLKILEDVFPEFKDLTAVSSKLTLRSHMTSGWFLTVSDLMNKKPLPFKLFSIDRCFRREQKEDKSHLMTYHSASCAIAGEGVDINDGKAIAEGLLSQFGFTNFKFIPDEKKSKYYTPETQTEVYAYHPKLKEWLEVATFGVYSPVALSKYGIDVPVMNLGLGVERLAMISGNFADVREMVYPQFYEHKLNDRNVASMVKLDKVPVMDEIYDLTKELIESCVKNKDLKSPCELAIEKTFSFGKTKKNVKINIFEKEEGKNLLGPSILNEIYVYDGNVIGIPESFDGVKEEFKDFLEKGKSEGVATGIRYIDALCFKITSKLEEAFVSNTTEFKVKVPIVRSLSDINLKIDDIALKQIMSKNKVIDVRGPVFLNVEVKIEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Methanococcus maripaludis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	267377
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	phosphoseryl-tRNA synthetase
分子量 formula_weight	71146.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSHHHHHHSSGLVPRGSHMFKREEIIEMANKDFEKAWIETKDLIKAKKINESYPRIKPVFGKTHPVNDTIENLRQAYLRMGFEEYINPVIVDERDIYKQFGPEAMAVLDRCFYLAGLPRPDVGLSDEKISQIEKLGIKVSEHKESLQKILHGYKKGTLDGDDLVLEISNALEISSEMGLKILEDVFPEFKDLTAVSSKLTLRSHMTSGWFLTVSDLMNKKPLPFKLFSIDRCFRREQKEDKSHLMTYHSASCAIAGEGVDINDGKAIAEGLLSQFGFTNFKFIPDEKKSKYYTPETQTEVYAYHPKLKEWLEVATFGVYSPVALSKYGIDVPVMNLGLGVERLAMISGNFADVREMVYPQFYEHKLNDRNVASMVKLDKVPVMDEIYDLTKELIESCVKNKDLKSPCELAIEKTFSFGKTKKNVKINIFEKEEGKNLLGPSILNEIYVYDGNVIGIPESFDGVKEEFKDFLEKGKSEGVATGIRYIDALCFKITSKLEEAFVSNTTEFKVKVPIVRSLSDINLKIDDIALKQIMSKNKVIDVRGPVFLNVEVKIEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Methanococcus maripaludis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	267377
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	phosphoseryl-tRNA synthetase
分子量 formula_weight	75656.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSHHHHHHSSGLVPRGSHMFKREEIIEMANKDFEKAWIETKDLIKAKKINESYPRIKPVFGKTHPVNDTIENLRQAYLRMGFEEYINPVIVDERDIYKQFGPEAMAVLDRCFYLAGLPRPDVGLSDEKISQIEKLGIKVSEHKESLQKILHGYKKGTLDGDDLVLEISNALEISSEMGLKILEDVFPEFKDLTAVSSKLTLRSHMTSGWFLTVSDLMNKKPLPFKLFSIDRCFRREQKEDKSHLMTYHSASCAIAGEGVDINDGKAIAEGLLSQFGFTNFKFIPDEKKSKYYTPETQTEVYAYHPKLKEWLEVATFGVYSPVALSKYGIDVPVMNLGLGVERLAMISGNFADVREMVYPQFYEHKLNDRNVASMVKLDKVPVMDEIYDLTKELIESCVKNKDLKSPCELAIEKTFSFGKTKKNVKINIFEKEEGKNLLGPSILNEIYVYDGNVIGIPESFDGVKEEFKDFLEKGKSEGVATGIRYIDALCFKITSKLEEAFVSNTTEFKVKVPIVRSLSDINLKIDDIALKQIMSKNKVIDVRGPVFLNVEVKIEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Methanococcus maripaludis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	267377
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	phosphoseryl-tRNA synthetase
分子量 formula_weight	74339.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGSHHHHHHSSGLVPRGSHMFKREEIIEMANKDFEKAWIETKDLIKAKKINESYPRIKPVFGKTHPVNDTIENLRQAYLRMGFEEYINPVIVDERDIYKQFGPEAMAVLDRCFYLAGLPRPDVGLSDEKISQIEKLGIKVSEHKESLQKILHGYKKGTLDGDDLVLEISNALEISSEMGLKILEDVFPEFKDLTAVSSKLTLRSHMTSGWFLTVSDLMNKKPLPFKLFSIDRCFRREQKEDKSHLMTYHSASCAIAGEGVDINDGKAIAEGLLSQFGFTNFKFIPDEKKSKYYTPETQTEVYAYHPKLKEWLEVATFGVYSPVALSKYGIDVPVMNLGLGVERLAMISGNFADVREMVYPQFYEHKLNDRNVASMVKLDKVPVMDEIYDLTKELIESCVKNKDLKSPCELAIEKTFSFGKTKKNVKINIFEKEEGKNLLGPSILNEIYVYDGNVIGIPESFDGVKEEFKDFLEKGKSEGVATGIRYIDALCFKITSKLEEAFVSNTTEFKVKVPIVRSLSDINLKIDDIALKQIMSKNKVIDVRGPVFLNVEVKIEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Methanococcus maripaludis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	267377
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2odrC01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2odrC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	2odrD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	2odrD03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3340 —

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晶胞边长 a length_a	119.172 Å
晶胞边长 b length_b	133.943 Å
晶胞边长 c length_c	208.382 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.228 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2920
R_work r_work	0.2920
R_free r_free	0.3060

Methanococcus Maripaludis Phosphoseryl-tRNA synthetase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phosphoseryl-tRNA synthetase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2odr__assembly_1__model_1

2odr__assembly_1__model_1 | I(q)

2odr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Methanococcus Maripaludis Phosphoseryl-tRNA synthetase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phosphoseryl-tRNA synthetase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2odr__assembly_1__model_1

2odr__assembly_1__model_1 | I(q)

2odr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)