2ofk

Crystal Structure of 3-methyladenine DNA glycosylase I (TAG)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-methyladenine DNA glycosylase I, constitutive

Salmonella typhi

UniProt Q8Z2A5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 TRIETHYLENE GLYCOL × 4 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 TRIETHYLENE GLYCOL × 4 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8Z2A5_SALTI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 B; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ofk
沉积日期 deposition_date2007-01-03
结构标题 titleCrystal Structure of 3-methyladenine DNA glycosylase I (TAG)
关键词 keywords3-Methyladenine, DNA repair, Glycosylase, Base Excision, Helix-hairpin-Helix, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ofk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ofk__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ofk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)17.40 Å
Rg(电子密度)16.27 Å
总 Rg17.27 Å
原子数1473
残基数182
排除体积26244 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2ofk__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2ofk__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2ofka_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.96 — DNA-glycosylase
超家族 Superfamily superfamilya.96.1 — DNA-glycosylase
家族 Family familya.96.1.4 — 3-Methyladenine DNA glycosylase I (Tag)
结构域编号 domain_idd2ofkb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.96 — DNA-glycosylase
超家族 Superfamily superfamilya.96.1 — DNA-glycosylase
家族 Family familya.96.1.4 — 3-Methyladenine DNA glycosylase I (Tag)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2ofkA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Hypothetical protein; domain 2
结构域编号 domain_id2ofkB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Hypothetical protein; domain 2
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7. 引用文献 (1)