SAXSdb — 2oh5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyhedrin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	CHLORIDE ION × 12 MAGNESIUM ION × 24 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 2 MAGNESIUM ION × 4 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	CHLORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 6 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O10693_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–248； UniProt 2–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2oh5
沉积日期 deposition_date	2007-01-09
结构标题 title	The Crystal Structure of Infectious Cypovirus Polyhedra
关键词 keywords	beta barrel, intracellular crystal, nucleotide binding, STRUCTURAL PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2oh5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2oh5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2oh5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.50 Å
Rg（电子密度）	45.58 Å
总 Rg	46.00 Å
原子数	25248
残基数	2964
排除体积	436120 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2oh5__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2oh5__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2oh5__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polyhedrin
分子量 formula_weight	28387.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2437

XADVAGTSNRDFRGREQRLFNSEQYNYNNSLNGEVSVWVYAYYSDGSVLVINKNSQYKVGISETFKALKEYRKGQHNDSYDEYEVNQSIYYPNGGDARKFHSNAKPRAIQIIFSPSVNVRTIKMAKGNAVSVPDEYLQRSHPWEATGIKYRKIKRDGEIVGYSHYFELPHEYNSISLAVSGVHKNPSSYNVGSAHNVMDVFQSCDLALRFCNRYWAELELVNHYISPNAYPYLDINNHSYGVALSNRQ

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	483.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	286

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晶胞边长 a length_a	102.777 Å
晶胞边长 b length_b	102.777 Å
晶胞边长 c length_c	102.777 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	18.760 Å
R 因子 r_factor	0.0990
R_work r_work	0.0930
R_free r_free	0.1540

The Crystal Structure of Infectious Cypovirus Polyhedra

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyhedrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oh5__assembly_1__model_1

2oh5__assembly_1__model_1 | I(q)

2oh5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

The Crystal Structure of Infectious Cypovirus Polyhedra

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyhedrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oh5__assembly_1__model_1

2oh5__assembly_1__model_1 | I(q)

2oh5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)