SAXSdb — 2omz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Internalin-A

Listeria monocytogenes

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–495	片段：internalin domain 突变：Y369A	Epithelial-cadherin × 1 （P12830）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.186

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2OMZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1O6S Internalin (Listeria monocytogenes) / E-Cadherin (human) Recognition Complex 提交 2002-10-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–496（461 aa）片段：FUNCTIONAL DOMAIN, RESIDUES 36-496	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0, 26% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 7.0, 100 MM SODIUM ACETATE, 50 MM CACL2	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
1O6T Internalin (INLA, Listeria monocytogenes) - functional domain, uncomplexed 提交 2002-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–496（461 aa）片段：FUNCTIONAL DOMAIN, RESIDUES 36-496	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 8 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；METHOD: VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP, PROTEIN: 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0, RESEVOIR: 10% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 6.0, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 10 MM CACL2. CRYSTALS GREW APPROX 2 YEARS AFTER SETUP. TRUE CRYSTALLIZATION CONDITIONS PROBABLY DEVIATE FROM THOSE INDICATED	分辨率 1.60 Å R-free 0.161
1O6V Internalin (INLA, Listeria monocytogenes) - functional domain, uncomplexed 提交 2002-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–496（461 aa）片段：FUNCTIONAL DOMAIN, RESIDUES 36-496	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；METHOD: VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP PROTEIN: 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0 RESEVOIR: 10% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 6.0, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 10 MM CACL2	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
1O6V Internalin (INLA, Listeria monocytogenes) - functional domain, uncomplexed 提交 2002-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–496（461 aa）片段：FUNCTIONAL DOMAIN, RESIDUES 36-496	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；METHOD: VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP PROTEIN: 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0 RESEVOIR: 10% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 6.0, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 10 MM CACL2	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
2OMT Crystal structure of InlA G194S+S/hEC1 complex 提交 2007-01-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–497（462 aa）片段：internalin domain	突变：G194S+S	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.283
2OMU Crystal structure of InlA G194S+S Y369S/hEC1 complex 提交 2007-01-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–497（462 aa）片段：internalin domain	突变：G194S+S Y369S	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
2OMV Crystal structure of InlA S192N Y369S/hEC1 complex 提交 2007-01-23	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–495（460 aa）片段：internalin domain	突变：S192N Y369S	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2OMW Crystal structure of InlA S192N Y369S/mEC1 complex 提交 2007-01-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–496（461 aa）片段：internalin domain	突变：S192N Y369S	CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；PEG 6000, LiCl, Na-Citrate, pH 5.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.207
2OMX Crystal structure of InlA S192N G194S+S/hEC1 complex 提交 2007-01-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–497（462 aa）片段：internalin domain	突变：S192N G194S+S	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.223
2OMY Crystal structure of InlA S192N/hEC1 complex 提交 2007-01-23	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–495（460 aa）片段：internalin domain	突变：S192N	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.211

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INLA_LISMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–464； UniProt 36–495

Epithelial-cadherin

Homo sapiens

UniProt P12830

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 156–254	片段：N-terminal domain of human E-cadherin	Internalin-A × 1 （P25146）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.186

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2OMZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1O6S Internalin (Listeria monocytogenes) / E-Cadherin (human) Recognition Complex 提交 2002-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 156–255（100 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 156-253	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0, 26% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 7.0, 100 MM SODIUM ACETATE, 50 MM CACL2	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
2O72 Crystal Structure Analysis of human E-cadherin (1-213) 提交 2006-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 155–367（213 aa）片段：N-Terminal domains 1 and 2, residues 155-317	突变：C9S	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG 8000, 0.2M calcium chloride, 5% DMSO, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
2OMT Crystal structure of InlA G194S+S/hEC1 complex 提交 2007-01-23	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 156–255（100 aa）片段：N-terminal domain of human E-cadherin	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.283
2OMU Crystal structure of InlA G194S+S Y369S/hEC1 complex 提交 2007-01-23	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 156–255（100 aa）片段：N-terminal domain of human E-cadherin	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
2OMV Crystal structure of InlA S192N Y369S/hEC1 complex 提交 2007-01-23	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 156–255（100 aa）片段：N-terminal domain of human E-cadherin	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2OMX Crystal structure of InlA S192N G194S+S/hEC1 complex 提交 2007-01-23	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 156–258（103 aa）片段：N-terminal domain of human E-cadherin	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.223
2OMY Crystal structure of InlA S192N/hEC1 complex 提交 2007-01-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 156–254（99 aa）片段：N-terminal domain of human E-cadherin	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.211
3FF7 Structure of NK cell receptor KLRG1 bound to E-cadherin 提交 2008-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 155–253（99 aa）片段：UNP residues 155-253, Cadherin 1 domain 链 B 155–253（99 aa）片段：UNP residues 155-253, Cadherin 1 domain	突变：C9L 突变：C9L	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；298 K；PEG4000, pH 4.6, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
3FF8 Structure of NK cell receptor KLRG1 bound to E-cadherin 提交 2008-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 155–254（100 aa）片段：UNP residues 155-254, Cadherin 1 domain 链 B 155–254（100 aa）片段：UNP residues 155-254, Cadherin 1 domain	突变：C9L 突变：C9L	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；PEG8000, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
4ZT1 Crystal structure of human E-Cadherin (residues 3-213) in x-dimer conformation 提交 2015-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–367（211 aa）片段：UNP residues 157-367 链 B 157–367（211 aa）片段：UNP residues 157-367	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；TRIS 0.1 M, ammonium sulfate 1.3 M, calcium chloride 50 mM	分辨率 1.92 Å R-free 0.219
4ZTE Crystal structure of human E-Cadherin (residues 3-213) in complex with a peptidomimetic inhibitor 提交 2015-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 157–367（211 aa）片段：residues 157-367 链 B 157–367（211 aa）片段：residues 157-367	未记录	CA CALCIUM ION × 6 4RL N-{[(2S,5S)-1-benzyl-5-(2-{[(2S,3S)-1-(tert-butylamino)-3-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino}-2-oxoethyl)-3,6-dioxopiperazin-2-yl]methyl}-L-alpha-asparagine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；TRIS 0.1 M, ammonium sulfate 1.3 M, calcium chloride 80 mM	分辨率 2.13 Å R-free 0.230
6CXY Crystal Structure of Human E-cadherin bound by mouse monoclonal antibody Fab mAb-1_19A11 提交 2018-04-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 155–371（217 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；290 K；HosaA.19747.a.KW2.PC00156 at 10.3 mg/ml in a buffer containing 50 mM Tris, pH = 8, 150 mM NaCl, and 3 mM CaCl2 was mixed 0.1 uL + 0.1 uL with Wizard 3/4 (h12): 15% (w/v) PEG-20,000, 0.1 M HEPES/ NaOH, pH = 7.0. The crystal was cryoprotected with 20% ethylene glycol. Tray: 299140h12, puck: qxp2-3	分辨率 2.20 Å R-free 0.197
6OLE Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with AP and PE tRNAs 提交 2019-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric	链 y 693–730（38 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 31 ZN ZINC ION × 6 MVM N-(3-chloropyridin-2-yl)-N-[(3R)-piperidin-3-yl]-4-(3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-3-yl)benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6OLF Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with AA and PE tRNAs 提交 2019-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric	链 y 693–730（38 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 31 MVM N-(3-chloropyridin-2-yl)-N-[(3R)-piperidin-3-yl]-4-(3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-3-yl)benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6OLG Human ribosome nascent chain complex stalled by a drug-like small molecule (CDH1_RNC with PP tRNA) 提交 2019-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric	链 A 693–730（38 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 326 ZN ZINC ION × 5 MVM N-(3-chloropyridin-2-yl)-N-[(3R)-piperidin-3-yl]-4-(3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-3-yl)benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6VEL Crystal Structure of Human E-cadherin bound by mouse monoclonal antibody 66E8Fab 提交 2020-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 155–371（217 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；A complex of HosaA.19747.a.KW2, MumuA.20194.a.LG23, and MumuA.20195.a.LH23 was crystallized at 10.4 mg/ml at 14C and mixed 1:1 with 12.5% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) 1,2,6-hexanetriol, 0.1M GlyGly/AMPD pH 8.5, 0.03M of each Lithium sulfate, Sodium sulfate, and Potassium sulfate. Tray 307437a10: puck ckt8-9.	分辨率 2.65 Å R-free 0.236
7STZ Crystal Structure of Human E-cadherin EC1-5 bound by mouse monoclonal antibody Fab mAb-1_19A11 提交 2021-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 155–698（544 aa）链 D 155–698（544 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 5 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 BMA beta-D-mannopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；290 K；HosaA.19747.a.LS31.PC00180 at 11.5 mg/mL was mixed 2:1 (0.2 uL protein and 0.1 uL precipitant) with 0.1M sodium HEPES pH 7.0 and 15% w/v PEG4000 (ProPlex B11) and stored at 14C. The crystal was cryoprotected with 15% ethylene glycol. Tray: 321285b11, puck: ygq5-2.	分辨率 2.95 Å R-free 0.208
8H62 Crystal structure of Internalin A from Listeria monocytogenes with human E-cadherin EC12 提交 2022-10-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 155–367（213 aa）	突变：C163S	CA CALCIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium acetate 45% MPD	分辨率 1.91 Å R-free 0.210
9P99 CryoEM structure of integrin alphaEbeta7 bound to E-cadherin 提交 2025-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 155–371（217 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CADH1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–104； UniProt 156–254

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2omz
沉积日期 deposition_date	2007-01-23
结构标题 title	Crystal structure of InlA Y369A/hEC1 complex
关键词 keywords	leucine-rich-repeat, nvasion protein, IG-like domain, adhesion protein, CELL INVASION-CELL ADHESION COMPLEX; CELL INVASION/CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.17 Å
零角强度 I(0) i0	59389500.00
分子量 molecular_weight	61395.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77301 Å³
包络体积 envelope_volume	95633 Å³
水化壳体积 shell_volume	29365 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.61 Å
包络 Rg envelope_rg	29.77 Å
形状 Rg shape_rg	29.17 Å
总 Rg total_rg	29.58 Å
总原子数 total_atoms	4323
残基数 n_residues	571
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8021
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.642
峰度 Kurtosis kurtosis	0.055
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.581; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.755; Smooth: 0.929

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Internalin-A
分子量 formula_weight	50133.0 kDa
突变 mutation	Y369A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5440

PLGSATITQDTPINQIFTDTALAEKMKTVLGKTNVTDTVSQTDLDQVTTLQADRLGIKSIDGVEYLNNLTQINFSNNQLTDITPLKNLTKLVDILMNNNQIADITPLANLTNLTGLTLFNNQITDIDPLKNLTNLNRLELSSNTISDISALSGLTSLQQLSFGNQVTDLKPLANLTTLERLDISSNKVSDISVLAKLTNLESLIATNNQISDITPLGILTNLDELSLNGNQLKDIGTLASLTNLTDLDLANNQISNLAPLSGLTKLTELKLGANQISNISPLAGLTALTNLELNENQLEDISPISNLKNLTYLTLYFNNISDISPVSSLTKLQRLFFANNKVSDVSSLANLTNINWLSAGHNQISDLTPLANLTRITQLGLNDQAWTNAPVNYKANVSIPNTVKNVTGALIAPATISDGGSYTEPDITWNLPSYTNEVSYTFSQPVTIGKGTTTFSGTVTQPLKGG

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	169963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Epithelial-cadherin
分子量 formula_weight	11523.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPLGSWVIPPISCPENEKGPFPKNLVQIKSNKDKEGKVFYSITGQGADTPPVGVFIIERETGWLKVTEPLDRERIATYTLFSHAVSSNGNAVEDPMEILITVTDQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	793

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d2omza1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.15 — Internalin Ig-like domain

结构域编号 domain_id	d2omza2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamily	c.10.2 — L domain-like
家族 Family family	c.10.2.1 — Internalin LRR domain

结构域编号 domain_id	d2omza3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2omza4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2omzb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.6 — Cadherin-like
家族 Family family	b.1.6.1 — Cadherin

结构域编号 domain_id	d2omzb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2omzb4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2omzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	2omzA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 —

结构域编号 domain_id	2omzB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.323 Å
晶胞边长 b length_b	84.741 Å
晶胞边长 c length_c	108.416 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1550
R_work r_work	0.1530
R_free r_free	0.1860

fit	/app/data/saxs_computation/om/2omz/2omz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/om/2omz/2omz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/om/2omz/2omz.dat

Crystal structure of InlA Y369A/hEC1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Internalin-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Epithelial-cadherin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)