2onk

ABC transporter ModBC in complex with its binding protein ModA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein

Archaeoglobus fulgidus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein × 2 （O30143） Molybdate/tungstate binding protein × 1 （O30142） PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 3 TUNGSTATE(VI)ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein × 2 （O30143） Molybdate/tungstate binding protein × 1 （O30142） PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 3 TUNGSTATE(VI)ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O30144_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240 作者链 B； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240 作者链 F； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240 作者链 G； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240

Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein

Archaeoglobus fulgidus

UniProt O30143

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein × 2 （O30144） Molybdate/tungstate binding protein × 1 （O30142） PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 3 TUNGSTATE(VI)ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein × 2 （O30144） Molybdate/tungstate binding protein × 1 （O30142） PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 3 TUNGSTATE(VI)ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O30143_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 24–284； UniProt 1–261 作者链 D； PDB构建体 24–284； UniProt 1–261 作者链 H； PDB构建体 24–284； UniProt 1–261 作者链 I； PDB构建体 24–284； UniProt 1–261

Molybdate/tungstate binding protein

Archaeoglobus fulgidus

UniProt O30142

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein × 2 （O30144） Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein × 2 （O30143） PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 3 TUNGSTATE(VI)ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein × 2 （O30144） Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein × 2 （O30143） PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 3 TUNGSTATE(VI)ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y094_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 4–314； UniProt 32–342 作者链 J； PDB构建体 4–314； UniProt 32–342

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2onk
沉积日期 deposition_date	2007-01-24
结构标题 title	ABC transporter ModBC in complex with its binding protein ModA
关键词 keywords	membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2onk__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2onk__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2onk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.78 Å
Rg（电子密度）	40.11 Å
总 Rg	40.42 Å
原子数	10105
残基数	1294
排除体积	184000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2onk__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2onk__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
分子量 formula_weight	27069.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,F,G
原子数 atom_count	20218

MFLKVRAEKRLGNFRLNVDFEMGRDYCVLLGPTGAGKSVFLELIAGIVKPDRGEVRLNGADITPLPPERRGIGFVPQDYALFPHLSVYRNIAYGLRNVERVERDRRVREMAEKLGIAHLLDRKPARLSGGERQRVALARALVIQPRLLLLDEPLSAVDLKTKGVLMEELRFVQREFDVPILHVTHDLIEAAMLADEVAVMLNGRIVEKGKLKELFSAKNGEVAEFLSARNLLLKVSKILD

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein
分子量 formula_weight	30643.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,H,I

MGHHHHHHHHHHSSGENLYFQGHMRLLFSALLALLSSIILLFVLLPVAATVTLQLFNFDEFLKAASDPAVWKVVLTTYYAALISTLIAVIFGTPLAYILARKSFPGKSVVEGIVDLPVVIPHTVAGIALLVVFGSSGLIGSFSPLKFVDALPGIVVAMLFVSVPIYINQAKEGFASVDVRLEHVARTLGSSPLRVFFTVSLPLSVRHIVAGAIMSWARGISEFGAVVVIAYYPMIAPTLIYERYLSEGLSAAMPVAAILILLSLAVFVALRIIVGREDVSEGQG

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Molybdate/tungstate binding protein
分子量 formula_weight	35717.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

GHMNVKLKVFHAGSLTEPMKAFKRAFEEKHPNVEVQTEAAGSAATIRKVTELGRKADVIATADYTLIQKMMYPEFANWTIMFAKNQIVLAYRNDSRYADEINSQNWYEILKRPDVRFGFSNPNDDPCGYRSLMAIQLAELYYNDPTIFDELVAKNSNLRFSEDNGSYVLRMPSSERIEINKSKIMIRSMEMELIHLVESGELDYFFIYKSVAKQHGFNFVELPVEIDLSSPDYAELYSKVKVVLANGKEVTGKPIVYGITIPKNAENRELAVEFVKLVISEEGQEILRELGQEPLVPPRADTAVPSLKAMVEVS

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TUNGSTATE(VI)ION
分子量 formula_weight	247.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

结构域编号 domain_id	d2onka1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like

结构域编号 domain_id	d2onkb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like

结构域编号 domain_id	d2onkc1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.58 — MetI-like
超家族 Superfamily superfamily	f.58.1 — MetI-like
家族 Family family	f.58.1.1 — MetI-like

结构域编号 domain_id	d2onkd1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.58 — MetI-like
超家族 Superfamily superfamily	f.58.1 — MetI-like
家族 Family family	f.58.1.1 — MetI-like

结构域编号 domain_id	d2onke1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

结构域编号 domain_id	d2onkf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like

结构域编号 domain_id	d2onkg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like

结构域编号 domain_id	d2onkh1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.58 — MetI-like
超家族 Superfamily superfamily	f.58.1 — MetI-like
家族 Family family	f.58.1.1 — MetI-like

结构域编号 domain_id	d2onki1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.58 — MetI-like
超家族 Superfamily superfamily	f.58.1 — MetI-like
家族 Family family	f.58.1.1 — MetI-like

结构域编号 domain_id	d2onkj2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

结构域编号 domain_id	d2onkj3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2onkA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2onkB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2onkC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3720 — MetI-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MetI-like

结构域编号 domain_id	2onkD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3720 — MetI-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MetI-like

结构域编号 domain_id	2onkE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	2onkE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	2onkF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2onkG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2onkH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3720 — MetI-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MetI-like

结构域编号 domain_id	2onkI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3720 — MetI-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MetI-like

结构域编号 domain_id	2onkJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	2onkJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

▶

晶胞边长 a length_a	93.032 Å
晶胞边长 b length_b	171.203 Å
晶胞边长 c length_c	158.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2560
R_work r_work	0.2560
R_free r_free	0.2830

ABC transporter ModBC in complex with its binding protein ModA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Molybdate/tungstate binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2onk__assembly_2__model_1

2onk__assembly_2__model_1 | I(q)

2onk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

ABC transporter ModBC in complex with its binding protein ModA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Molybdate/tungstate binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2onk__assembly_2__model_1

2onk__assembly_2__model_1 | I(q)

2onk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)