SAXSdb — 2oo6

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative L-alanine-DL-glutamate epimerase

Burkholderia xenovorans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	SULFATE ION × 16 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q13PB7_BURXL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–401； UniProt 2–399

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2oo6
沉积日期 deposition_date	2007-01-25
结构标题 title	Crystal structure of putative L-alanine-DL-glutamate epimerase from Burkholderia xenovorans strain LB400
关键词 keywords	;STRUCTURAL GENOMICS, ENOLASE, PSI-2, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC, ISOMERASE ;; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2oo6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2oo6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2oo6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.69 Å
Rg（电子密度）	40.72 Å
总 Rg	41.27 Å
原子数	24904
残基数	3144
排除体积	441270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2oo6__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative L-alanine-DL-glutamate epimerase
分子量 formula_weight	45960.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3500

MSLKVVSVDTLCCDAGWRNYHFVKLTTDEGIVGWSEFDEGFGSPGVTAVIEQLGKRLVGASVMEHERFFAEAYCLTRPATGGVVSEGIGAIENALLDAKAKTLNVPCYELLGGKLRDRVPVYWSHCPTWRINHPKFFGPPVTDLDGVKRTAEEARERQFRAIKTNIFIHDDGPLHAWRPGFAVPFQPALNVDRKVLRNLRAHLEALRDGAGPDVEILLDLNFNAKPEGYLKILRELADFDLFWVEIDSYSPQGLAYVRNHSPHPISSCETLFGIREFKPFFDANAVDVAIVDTIWNGVWQSMKIAAFADAHDINVAPHNFYGHLCTMINANFAAAVPNLRIMETDIDRLAWEDELFTHAPEYQNGELIIPDRPGWGTDPVEEAILAHPPKVMGGLLQYKRSEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia xenovorans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266265
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	323

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2oo6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Enolase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2oo6A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Enolase-like C-terminal domain

▶

晶胞边长 a length_a	104.906 Å
晶胞边长 b length_b	104.906 Å
晶胞边长 c length_c	145.658 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1570
R_work r_work	0.1560
R_free r_free	0.1920

Crystal structure of putative L-alanine-DL-glutamate epimerase from Burkholderia xenovorans strain LB400

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative L-alanine-DL-glutamate epimerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oo6__assembly_1__model_1

2oo6__assembly_1__model_1 | I(q)

2oo6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of putative L-alanine-DL-glutamate epimerase from Burkholderia xenovorans strain LB400

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative L-alanine-DL-glutamate epimerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oo6__assembly_1__model_1

2oo6__assembly_1__model_1 | I(q)

2oo6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)