2oob

crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase in complex with ubiquitin

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B

Homo sapiens

UniProt Q13191

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Ubiquitin × 1 (P62990) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBLB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–52; UniProt 924–973

Ubiquitin

物种未注明

UniProt P62990

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B × 1 (Q13191) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBIQ_BOVIN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2oob
沉积日期 deposition_date2007-01-25
结构标题 titlecrystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase in complex with ubiquitin
关键词 keywordsprotein-protein complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2oob__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2oob__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2oob__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)15.86 Å
Rg(电子密度)14.67 Å
总 Rg15.71 Å
原子数924
残基数116
排除体积16604 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2oob__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2oobb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2oobA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain
结构域编号 domain_id2oobB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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7. 引用文献 (1)