SAXSdb — 2ool

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensor protein

Rhodopseudomonas palustris

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid ; × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6N5G2_RHOPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 B； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ool
沉积日期 deposition_date	2007-01-25
结构标题 title	Crystal structure of the chromophore-binding domain of an unusual bacteriophytochrome RpBphP3 from R. palustris
关键词 keywords	bacteriophytochrome, photoconversion, photoreceptor, biliverdin, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ool__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ool__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ool__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.22 Å
Rg（电子密度）	27.42 Å
总 Rg	28.10 Å
原子数	4817
残基数	602
排除体积	85650 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ool__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sensor protein
分子量 formula_weight	37331.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5101

MSSRSDPGQPMASATDPSGRLALDLTECDREPIHIPGAIQPHGYLFVVSETDLRIASVSANVEDLLRQPPASLLNVPIAHYLTAASAARLTHALHGGDPAAINPIRLDVVTPDGERAFNGILHRHDSIVILELEPRDESRYTNEFFRSVRVAIRRLQTAADLPTACWIAASEVRRITGFDRIKVYQFAADWSGQVIAEDRDSGIPSLLDFHFPSSDIPAQSRALYTINPVRIIPDIGYRPSPLVPDINPRLGGPIDLSFSVLRSVSPTHLEYMVNMGMHAAMSISIVRDNRLWGMISCHNLTPRFVSYEVRQACELIAQVLTWQIGVLEEAEIVRHS

来源 Source

来源生物 organism	Rhodopseudomonas palustris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	258594
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid ;
分子量 formula_weight	585.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	215

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2oola1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.2 — GAF domain-like
家族 Family family	d.110.2.1 — GAF domain

结构域编号 domain_id	d2oola2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family family	d.110.3.9 — BphP N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2oolb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.2 — GAF domain-like
家族 Family family	d.110.2.1 — GAF domain

结构域编号 domain_id	d2oolb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family family	d.110.3.9 — BphP N-terminal domain-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2oolA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	2oolA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GAF domain

结构域编号 domain_id	2oolB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	2oolB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GAF domain

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晶胞边长 a length_a	151.866 Å
晶胞边长 b length_b	151.866 Å
晶胞边长 c length_c	75.996 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	49.750 Å
R 因子 r_factor	0.1916
R_work r_work	0.1883
R_free r_free	0.2310

Crystal structure of the chromophore-binding domain of an unusual bacteriophytochrome RpBphP3 from R. palustris

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensor protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ool__assembly_1__model_1

2ool__assembly_1__model_1 | I(q)

2ool__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the chromophore-binding domain of an unusual bacteriophytochrome RpBphP3 from R. palustris

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensor protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ool__assembly_1__model_1

2ool__assembly_1__model_1 | I(q)

2ool__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)