2oqm

Crystal structure of a dinb family member protein (sden_0562) from shewanella denitrificans at 1.83 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical protein

Shewanella denitrificans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	1,2-ETHANEDIOL × 10 FORMIC ACID × 15 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	1,2-ETHANEDIOL × 7 FORMIC ACID × 9 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q12RS4_SHEDO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–192； UniProt 1–173 作者链 B； PDB构建体 20–192； UniProt 1–173 作者链 C； PDB构建体 20–192； UniProt 1–173 作者链 D； PDB构建体 20–192； UniProt 1–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2oqm
沉积日期 deposition_date	2007-01-31
结构标题 title	Crystal structure of a dinb family member protein (sden_0562) from shewanella denitrificans at 1.83 A resolution
关键词 keywords	Structural genomics, Joint Center for Structural Genomics, JCSG, Protein Structure Initiative, PSI-2, unknown function; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2oqm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2oqm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2oqm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.20 Å
Rg（电子密度）	20.04 Å
总 Rg	20.88 Å
原子数	2891
残基数	350
排除体积	51803 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2oqm__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2oqm__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hypothetical protein
分子量 formula_weight	21956.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6349

MGSDKIHHHHHHENLYFQGMLYDLTVVQFSKMLKNLNAIFDKAEAFAELKKVDMDVLLNSRLAADQFNLIRQVQIACDTAKVGVARLTGQLETAPKHDDSETTLAELRQRIASVLTYLEGFSEADFANAATIQISQPRWQGKYLTGYEFAIEHAIPNLYFHITTAYGILRHNGVEVGKKDYLGAMPYKAPIL

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	192073
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	545

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2oqma1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.213 — DinB/YfiT-like putative metalloenzymes
超家族 Superfamily superfamily	a.213.1 — DinB/YfiT-like putative metalloenzymes
家族 Family family	a.213.1.3 — Sden0562-like

结构域编号 domain_id	d2oqma2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2oqmb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.213 — DinB/YfiT-like putative metalloenzymes
超家族 Superfamily superfamily	a.213.1 — DinB/YfiT-like putative metalloenzymes
家族 Family family	a.213.1.3 — Sden0562-like

结构域编号 domain_id	d2oqmb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2oqmc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.213 — DinB/YfiT-like putative metalloenzymes
超家族 Superfamily superfamily	a.213.1 — DinB/YfiT-like putative metalloenzymes
家族 Family family	a.213.1.3 — Sden0562-like

结构域编号 domain_id	d2oqmc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2oqmd2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.213 — DinB/YfiT-like putative metalloenzymes
超家族 Superfamily superfamily	a.213.1 — DinB/YfiT-like putative metalloenzymes
家族 Family family	a.213.1.3 — Sden0562-like

结构域编号 domain_id	d2oqmd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2oqmA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 — dinb family like domain

结构域编号 domain_id	2oqmB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 — dinb family like domain

结构域编号 domain_id	2oqmC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 — dinb family like domain

结构域编号 domain_id	2oqmD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 — dinb family like domain

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晶胞边长 a length_a	62.437 Å
晶胞边长 b length_b	71.722 Å
晶胞边长 c length_c	93.489 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	45.220 Å
R 因子 r_factor	0.1590
R_work r_work	0.1570
R_free r_free	0.1960

Crystal structure of a dinb family member protein (sden_0562) from shewanella denitrificans at 1.83 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oqm__assembly_1__model_1

2oqm__assembly_1__model_1 | I(q)

2oqm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a dinb family member protein (sden_0562) from shewanella denitrificans at 1.83 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oqm__assembly_1__model_1

2oqm__assembly_1__model_1 | I(q)

2oqm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)