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2ora

RHODANESE (THIOSULFATE: CYANIDE SULFURTRANSFERASE)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OXIDIZED RHODANESE

物种未注明

UniProt P00586

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–296 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.99 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2ORA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BOH SULFUR-SUBSTITUTED RHODANESE (ORTHORHOMBIC FORM) 提交 1998-08-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.3
分辨率 2.30 Å R-free 0.215
1BOI N-TERMINALLY TRUNCATED RHODANESE 提交 1998-08-04 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa） 片段：DEL(1-7)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.3
分辨率 2.20 Å R-free 0.219
1DP2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN RHODANESE AND LIPOATE 提交 1999-12-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–293（293 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） LPB 5-[(3S)-1,2-dithiolan-3-yl]pentanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Crystals were obtained from ammonium sulfate. After soaking with 28% PEG 6000, 40 mM phosphate buffer, pH=7, 4 mM DL-lipoate was added , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K, temperature 293K
分辨率 2.01 Å R-free 0.230
1ORB ACTIVE SITE STRUCTURAL FEATURES FOR CHEMICALLY MODIFIED FORMS OF RHODANESE 提交 1995-07-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1RHD STRUCTURE OF BOVINE LIVER RHODANESE. I. STRUCTURE DETERMINATION AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION AND A COMPARISON OF THE CONFORMATION AND SEQUENCE OF ITS TWO DOMAINS 提交 1977-11-23 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–293（293 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1RHS SULFUR-SUBSTITUTED RHODANESE 提交 1997-07-16 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6
分辨率 1.36 Å R-free 0.229
8Q5Z Crystal structure of bovine Thiosulfate sulfurtransferase 提交 2023-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–297（297 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 6000, Tris, calcium chloride dihydrate
分辨率 1.50 Å R-free 0.163

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THTR_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–296； UniProt 1–296

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ora

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ora
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ora
沉积日期 deposition_date1996-02-22
结构标题 titleRHODANESE (THIOSULFATE: CYANIDE SULFURTRANSFERASE)
关键词 keywordsTRANSFERASE, MITOCHONDRION; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.72 Å
零角强度 I(0) i018676800.00
分子量 molecular_weight32906.0 kDa
排除体积 excluded_volume41190 ų
包络体积 envelope_volume47107 ų
水化壳体积 shell_volume20678 ų
包络直径 envelope_diameter64.7 Å
壳层 Rg shell_rg25.43 Å
包络 Rg envelope_rg19.06 Å
形状 Rg shape_rg18.71 Å
总 Rg total_rg19.68 Å
总原子数 total_atoms2326
残基数 n_residues292
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.9 Å
Rg (实空间) rg_real19.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18680000.0000
解质量估计 total_estimate0.8829
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.7 Å
偏度 Skewness skewness0.219
峰度 Kurtosis kurtosis-0.313
角度范围 angular_range— – 0.4000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha4795000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2oraa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.46 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
超家族 Superfamily superfamilyc.46.1 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
家族 Family familyc.46.1.2 — Multidomain sulfurtransferase (rhodanese)
结构域编号 domain_idd2oraa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.46 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
超家族 Superfamily superfamilyc.46.1 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
家族 Family familyc.46.1.2 — Multidomain sulfurtransferase (rhodanese)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2oraA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Oxidized Rhodanese; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodanese-like domain
结构域编号 domain_id2oraA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Oxidized Rhodanese; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodanese-like domain
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (10)