2orv

human Thymidine Kinase 1 in complex with TP4A

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymidine kinase

Homo sapiens

UniProt P04183

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 ZINC ION × 4 P1-(5'-ADENOSYL)P4-(5'-(2'-DEOXY-THYMIDYL))TETRAPHOSPHATE × 4 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ZINC ION × 2 P1-(5'-ADENOSYL)P4-(5'-(2'-DEOXY-THYMIDYL))TETRAPHOSPHATE × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KITH_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–234; UniProt 1–234 作者链 B; PDB构建体 1–234; UniProt 1–234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2orv
沉积日期 deposition_date2007-02-04
结构标题 titlehuman Thymidine Kinase 1 in complex with TP4A
关键词 keywords;TK-1 (THYMIDINE KINASE 1), TP4A (P1-(5'-ADENOSYL)P4-(5'-(2'DEOXYTHYMIDIL))TETRAPHOSPHATE, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2orv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2orv__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2orv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)25.16 Å
Rg(电子密度)24.36 Å
总 Rg25.19 Å
原子数5094
残基数646
排除体积91566 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2orv__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2orv__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2orva1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.24 — Type II thymidine kinase
结构域编号 domain_idd2orva2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamilyg.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family familyg.39.1.14 — Type II thymidine kinase zinc finger
结构域编号 domain_idd2orvb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.24 — Type II thymidine kinase
结构域编号 domain_idd2orvb2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamilyg.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family familyg.39.1.14 — Type II thymidine kinase zinc finger

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2orvA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2orvA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2orvB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2orvB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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7. 引用文献 (1)