SAXSdb — 2ost

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative endonuclease

Synechocystis sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	Synthetic DNA 29 MER × 1 Synthetic DNA 29 MER × 1 CALCIUM ION × 2 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q57253_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–151； UniProt 2–150 作者链 B； PDB构建体 3–151； UniProt 2–150 作者链 C； PDB构建体 3–151； UniProt 2–150 作者链 D； PDB构建体 3–151； UniProt 2–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ost
沉积日期 deposition_date	2007-02-06
结构标题 title	The structure of a bacterial homing endonuclease : I-Ssp6803I
关键词 keywords	protein-DNA complex, restriction enzyme fold, PD-(D/E)-XK motif, homing endonuclease, group I intron, hydrolase-DNA COMPLEX; hydrolase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ost__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ost__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ost__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.54 Å
Rg（电子密度）	28.81 Å
总 Rg	29.55 Å
原子数	5731
残基数	625
排除体积	98237 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ost__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Synthetic DNA 29 MER
分子量 formula_weight	8969.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y
原子数 atom_count	5747

GAGGCCTTCGGGCTCATAACCCGAAGGGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Synthetic DNA 29 MER
分子量 formula_weight	8862.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

TCTCCCTTCGGGTTATGAGCCCGAAGGCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Putative endonuclease
分子量 formula_weight	17404.9 kDa
突变 mutation	E11Q,F55K,L16M,L21M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

MGSTKLKGDIAQQAAIMRALKMGWGVLKPLGDRLSYDLVFDVEGILLKVQVKSSWKSEKTGNYVVDNRRTRTNRRNIVRSPYRGNDFDFAVAYVEELELFYVFPVDVFISYGSEIHLVETDKRQRKPRSFGYREAWHLILQKGAAQKETSA

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2ostA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1350 — Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ostB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1350 — Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ostC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1350 — Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ostD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1350 — Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	143.777 Å
晶胞边长 b length_b	143.777 Å
晶胞边长 c length_c	319.179 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	160.130 Å
R 因子 r_factor	0.2810
R_work r_work	0.2780
R_free r_free	0.3280

The structure of a bacterial homing endonuclease : I-Ssp6803I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative endonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ost__assembly_1__model_1

2ost__assembly_1__model_1 | I(q)

2ost__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of a bacterial homing endonuclease : I-Ssp6803I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative endonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ost__assembly_1__model_1

2ost__assembly_1__model_1 | I(q)

2ost__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)