2oto

N-terminal fragment of Streptococcus pyogenes M1 protein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 221.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M protein

Streptococcus pyogenes serotype M1

UniProt Q48WD8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 42–194 链 B; UniProt 42–194 片段:residues 42-194 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.1;277 K;32% MPD, 0.3M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 3.04 Å R-free 0.338
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 42–194 链 D; UniProt 42–194 片段:residues 42-194 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.1;277 K;32% MPD, 0.3M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 3.04 Å R-free 0.338
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 42–194 链 B; UniProt 42–194 链 C; UniProt 42–194 链 D; UniProt 42–194 片段:residues 42-194 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.1;277 K;32% MPD, 0.3M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 3.04 Å R-free 0.338

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q48WD8_STRP1
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–155; UniProt 42–194 作者链 B; PDB构建体 3–155; UniProt 42–194 作者链 C; PDB构建体 3–155; UniProt 42–194 作者链 D; PDB构建体 3–155; UniProt 42–194

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2oto

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2oto
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2oto
沉积日期 deposition_date2007-02-08
结构标题 titleN-terminal fragment of Streptococcus pyogenes M1 protein
关键词 keywordshelical coiled coil, fibrinogen-binding, virulence factor, SURFACE ACTIVE PROTEIN, TOXIN; SURFACE ACTIVE PROTEIN, TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier76.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron80.03
零角强度 I(0) i070649700.00
分子量 molecular_weight64472.0 kDa
排除体积 excluded_volume79363 ų
包络体积 envelope_volume132180 ų
水化壳体积 shell_volume23358 ų
包络直径 envelope_diameter307.5
壳层 Rg shell_rg36.93
包络 Rg envelope_rg84.08
形状 Rg shape_rg79.80
总 Rg total_rg78.96
总原子数 total_atoms4521
残基数 n_residues544
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax221.8
Rg (实空间) rg_real72.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.22
I(0) (实空间) i0_real6.9050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal69.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal69400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6126
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.2
偏度 Skewness skewness0.493
峰度 Kurtosis kurtosis-0.777
角度范围 angular_range— – 0.1000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0183
最高正则化参数 α highest_alpha3649000.0000
实空间数据点数 n_real_points21
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.008; Oscil: 0.041; Stabil: 0.951; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.082; Smooth: 0.630

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2otoA00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily700
结构域编号 domain_id2otoB00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily700
结构域编号 domain_id2otoC00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily700
结构域编号 domain_id2otoD00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily700

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)