2oxg

The SoxYZ Complex of Paracoccus pantotrophus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SoxZ protein

Paracoccus denitrificans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SoxY protein × 1 （Q9LCU9） SULFATE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SoxY protein × 1 （Q9LCU9） SULFATE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SoxY protein × 1 （Q9LCU9） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SoxY protein × 1 （Q9LCU9） 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9LCU8_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 2–109 作者链 C； PDB构建体 1–108； UniProt 2–109 作者链 E； PDB构建体 1–108； UniProt 2–109 作者链 Z； PDB构建体 1–108； UniProt 2–109

SoxY protein

Paracoccus denitrificans

UniProt Q9LCU9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SoxZ protein × 1 （Q9LCU8） SULFATE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SoxZ protein × 1 （Q9LCU8） SULFATE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SoxZ protein × 1 （Q9LCU8） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SoxZ protein × 1 （Q9LCU8） 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9LCU9_PARDE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 12–124； UniProt 28–140 作者链 D； PDB构建体 12–124； UniProt 28–140 作者链 F； PDB构建体 12–124； UniProt 28–140 作者链 Y； PDB构建体 12–124； UniProt 28–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2oxg
沉积日期 deposition_date	2007-02-20
结构标题 title	The SoxYZ Complex of Paracoccus pantotrophus
关键词 keywords	immunoglobulin-like beta-sandwich fold, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2oxg__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2oxg__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2oxg__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.02 Å
Rg（电子密度）	16.79 Å
总 Rg	17.81 Å
原子数	1519
残基数	212
排除体积	26956 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2oxg__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2oxg__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2oxg__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2oxg__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SoxZ protein
分子量 formula_weight	11734.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,A,C,E
原子数 atom_count	7094

ADDAKPRVKVPSSAKAGETVTVKALISHKMESGQRKDADGKLIPRSIINRFTCELNGVNVVDVAIDPAVSTNPYFEFDAKVDAAGEFKFTWYDDDGSVYEDVKPIAVA

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SoxY protein
分子量 formula_weight	12389.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,B,D,F

MRGSHHHHHHGSSTVDELTAAFTGGAATGEGGLTLTAPEIAENGNTVPIEVKAPGAVAIMLLAAGNPEPAVATFNFGPAAADQRAATRIRLAQTQDVIALAKMADGSVVKAQTTVKVTIGGCGG

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	754

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2oxga_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2oxgc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2oxge_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2oxgz_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2oxgA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2oxgB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2470 — SoxY domain

结构域编号 domain_id	2oxgC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2oxgD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2470 — SoxY domain

结构域编号 domain_id	2oxgE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2oxgF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2470 — SoxY domain

结构域编号 domain_id	2oxgY00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2470 — SoxY domain

结构域编号 domain_id	2oxgZ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	206.828 Å
晶胞边长 b length_b	54.717 Å
晶胞边长 c length_c	77.677 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1700
R_work r_work	0.1680
R_free r_free	0.1940

The SoxYZ Complex of Paracoccus pantotrophus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SoxZ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SoxY protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oxg__assembly_3__model_1

2oxg__assembly_3__model_1 | I(q)

2oxg__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

The SoxYZ Complex of Paracoccus pantotrophus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SoxZ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SoxY protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oxg__assembly_3__model_1

2oxg__assembly_3__model_1 | I(q)

2oxg__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)