2oxm

Crystal structure of a UNG2/modified DNA complex that represent a stabilized short-lived extrahelical state in ezymatic DNA base flipping

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

Homo sapiens

UniProt P13051

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 ;DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*(4MF)P*AP*CP*A)-3') ; × 1 water × 3 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UNG_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–223; UniProt 94–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2oxm
沉积日期 deposition_date2007-02-20
结构标题 titleCrystal structure of a UNG2/modified DNA complex that represent a stabilized short-lived extrahelical state in ezymatic DNA base flipping
关键词 keywordsENZYME DNA COMPLEX, UNG2, URACIL DNA GLYCOSYLASE, Hydrolase-DNA COMPLEX; Hydrolase/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2oxm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2oxm__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2oxm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)19.60 Å
Rg(电子密度)18.21 Å
总 Rg19.23 Å
原子数2192
残基数241
排除体积37843 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2oxm__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2oxma2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd2oxma3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2oxmA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

7. 引用文献 (1)