SAXSdb — 2oyy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hexameric cytochrome

Silicibacter pomeroyi

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	IODIDE ION × 9 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	IODIDE ION × 9 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	IODIDE ION × 36 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5LL55_SILPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 F； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 G； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 H； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2oyy
沉积日期 deposition_date	2007-02-23
结构标题 title	HTHP: a hexameric tyrosine-coordinated heme protein
关键词 keywords	all helical, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2oyy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2oyy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2oyy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.97 Å
Rg（电子密度）	20.79 Å
总 Rg	21.68 Å
原子数	3549
残基数	426
排除体积	63919 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2oyy__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2oyy__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2oyy__assembly_3__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hexameric cytochrome
分子量 formula_weight	8370.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	4732

MSETWLPTLVTATPQEGFDLAVKLSRIAVKKTQPDAQVRDTLRAVYEKDANALIAVSAVVATHFQTIAAANDYWKD

来源 Source

来源生物 organism	Silicibacter pomeroyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	89184
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K12

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2oyyA00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	80 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP)

结构域编号 domain_id	2oyyB00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	80 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP)

结构域编号 domain_id	2oyyC00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	80 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP)

结构域编号 domain_id	2oyyD00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	80 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP)

结构域编号 domain_id	2oyyE00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	80 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP)

结构域编号 domain_id	2oyyF00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	80 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP)

结构域编号 domain_id	2oyyG00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	80 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP)

结构域编号 domain_id	2oyyH00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	80 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexameric tyrosine-coordinated heme protein (HTHP)

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晶胞边长 a length_a	173.710 Å
晶胞边长 b length_b	173.710 Å
晶胞边长 c length_c	45.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	86.710 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2342
R_free r_free	0.2687

HTHP: a hexameric tyrosine-coordinated heme protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hexameric cytochrome

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oyy__assembly_1__model_1

2oyy__assembly_1__model_1 | I(q)

2oyy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

HTHP: a hexameric tyrosine-coordinated heme protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hexameric cytochrome

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oyy__assembly_1__model_1

2oyy__assembly_1__model_1 | I(q)

2oyy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)