2oz1

The SoxAX Complex of Rhodovulum Sulfidophilum

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diheme cytochrome c

Rhodovulum sulfidophilum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c × 1 （Q939U4） HEME C × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c × 1 （Q939U4） HEME C × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c × 1 （Q939U4） HEME C × 3 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c × 1 （Q939U4） HEME C × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q939U1_RHOSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–261； UniProt 27–287 作者链 C； PDB构建体 1–261； UniProt 27–287 作者链 E； PDB构建体 1–261； UniProt 27–287 作者链 G； PDB构建体 1–261； UniProt 27–287

Cytochrome c

Rhodovulum sulfidophilum

UniProt Q939U4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Diheme cytochrome c × 1 （Q939U1） HEME C × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Diheme cytochrome c × 1 （Q939U1） HEME C × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Diheme cytochrome c × 1 （Q939U1） HEME C × 3 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Diheme cytochrome c × 1 （Q939U1） HEME C × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q939U4_RHOSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–138； UniProt 23–160 作者链 D； PDB构建体 1–138； UniProt 23–160 作者链 F； PDB构建体 1–138； UniProt 23–160 作者链 H； PDB构建体 1–138； UniProt 23–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2oz1
沉积日期 deposition_date	2007-02-23
结构标题 title	The SoxAX Complex of Rhodovulum Sulfidophilum
关键词 keywords	ELECTRON TRANSFER, BACTERIAL SULFUR CYCLE, THIOSULFATE OXIDATION, CYSTEINE PERSULFIDE HEME LIGAND, CYTOCHROME C, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2oz1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2oz1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2oz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.07 Å
Rg（电子密度）	23.37 Å
总 Rg	24.19 Å
原子数	3165
残基数	395
排除体积	55815 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2oz1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2oz1__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2oz1__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2oz1__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Diheme cytochrome c
分子量 formula_weight	28974.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	13668

GPDDPLVINGEIEIVTRAPTPAHLADRFDEIRSGWTFRTDDTQALEMDDFENSGMVFVEEARAVWDRPEGTEGKACADCHGAVDDGMYGLRAVYPKYVESAGKVRTVEQMINACRTSRMGAPEWDYIGPDMTAMVALIASVSRGMPVSVAIDGPAQSTWEKGREIYYTRYGQLDLSCASCHEQYFDHYIRADHLSQGQINGFPSYRLKNARLNAVHDRFRGCIRDTRGVPFAVGSPEFVALELYVASRGNGLSVEGPSVRN

来源 Source

来源生物 organism	Rhodovulum sulfidophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	35806
宿主生物 host_organism	Rhodobacter capsulatus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c
分子量 formula_weight	14756.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

AEVAPGDVAIDGQGHVARPLTDAPGDPVEGRRLMTDRSVGNCIACHEVTEMADAQFPGTVGPSLDGVAARYPEAMIRGILVNSKNVFPETVMPAYYRVEGFNRPGIAFTSKPIEGEIRPLMTAGQIEDVVAYLMTLTQ

来源 Source

来源生物 organism	Rhodovulum sulfidophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	35806
宿主生物 host_organism	Rhodobacter capsulatus

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	939

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2oz1a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.8 — Di-heme cytochrome c SoxA

结构域编号 domain_id	d2oz1a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.8 — Di-heme cytochrome c SoxA

结构域编号 domain_id	d2oz1b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d2oz1c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.8 — Di-heme cytochrome c SoxA

结构域编号 domain_id	d2oz1c2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.8 — Di-heme cytochrome c SoxA

结构域编号 domain_id	d2oz1d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d2oz1e1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.8 — Di-heme cytochrome c SoxA

结构域编号 domain_id	d2oz1e2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.8 — Di-heme cytochrome c SoxA

结构域编号 domain_id	d2oz1f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d2oz1g1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.8 — Di-heme cytochrome c SoxA

结构域编号 domain_id	d2oz1g2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.8 — Di-heme cytochrome c SoxA

结构域编号 domain_id	d2oz1h_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2oz1A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1G01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1G02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2oz1H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

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晶胞边长 a length_a	80.975 Å
晶胞边长 b length_b	102.949 Å
晶胞边长 c length_c	115.706 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2420

The SoxAX Complex of Rhodovulum Sulfidophilum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diheme cytochrome c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oz1__assembly_1__model_1

2oz1__assembly_1__model_1 | I(q)

2oz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

The SoxAX Complex of Rhodovulum Sulfidophilum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diheme cytochrome c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2oz1__assembly_1__model_1

2oz1__assembly_1__model_1 | I(q)

2oz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)