SAXSdb — 2p1p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SKP1-like protein 1A

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein × 1 （Q570C0） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein × 2 （Q570C0） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1A_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein

Arabidopsis thaliana

UniProt Q570C0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SKP1-like protein 1A × 1 （Q39255） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	SKP1-like protein 1A × 2 （Q39255） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIR1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–594； UniProt 1–594

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2p1p
沉积日期 deposition_date	2007-03-06
结构标题 title	Mechanism of Auxin Perception by the TIR1 ubiquitin ligase
关键词 keywords	F-box, leucine rich repeat, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2p1p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2p1p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2p1p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.35 Å
Rg（电子密度）	27.77 Å
总 Rg	28.35 Å
原子数	5274
残基数	662
排除体积	94414 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2p1p__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2p1p__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SKP1-like protein 1A
分子量 formula_weight	17876.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5713

MSAKKIVLKSSDGESFEVEEAVALESQTIAHMVEDDCVDNGVPLPNVTSKILAKVIEYCKRHVEAAASKAEAVEGAATSDDDLKAWDADFMKIDQATLFELILAANYLNIKNLLDLTCQTVADMIKGKTPEEIRTTFNIKNDFTPEEEEEVRRENQWAFE

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein
分子量 formula_weight	66875.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQKRIALSFPEEVLEHVFSFIQLDKDRNSVSLVCKSWYEIERWCRRKVFIGNCYAVSPATVIRRFPKVRSVELKGKPHFADFNLVPDGWGGYVYPWIEAMSSSYTWLEEIRLKRMVVTDDCLELIAKSFKNFKVLVLSSCEGFSTDGLAAIAATCRNLKELDLRESDVDDVSGHWLSHFPDTYTSLVSLNISCLASEVSFSALERLVTRCPNLKSLKLNRAVPLEKLATLLQRAPQLEELGTGGYTAEVRPDVYSGLSVALSGCKELRCLSGFWDAVPAYLPAVYSVCSRLTTLNLSYATVQSYDLVKLLCQCPKLQRLWVLDYIEDAGLEVLASTCKDLRELRVFPSEPFVMEPNVALTEQGLVSVSMGCPKLESVLYFCRQMTNAALITIARNRPNMTRFRLCIIEPKAPDYLTLEPLDIGFGAIVEHCKDLRRLSLSGLLTDKVFEYIGTYAKKMEMLSVAFAGDSDLGMHHVLSGCDSLRKLEIRDCPFGDKALLANASKLETMRSLWMSSCSVSFGACKLLGQKMPKLNVEVIDERGAPDSRPESCPVERVFIYRTVAGPRFDMPGFVWNMDQDSTMRFSRQIITTNGL

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1H-INDOL-3-YLACETIC ACID
分子量 formula_weight	175.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	439

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2p1pa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamily	d.42.1 — POZ domain
家族 Family family	d.42.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2p1pa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.157 — Skp1 dimerisation domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.157.1 — Skp1 dimerisation domain-like
家族 Family family	a.157.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2p1pA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	2p1pB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2p1pB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

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晶胞边长 a length_a	102.085 Å
晶胞边长 b length_b	80.406 Å
晶胞边长 c length_c	124.902 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.210 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1635
R_work r_work	0.1596
R_free r_free	0.2372

Mechanism of Auxin Perception by the TIR1 ubiquitin ligase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SKP1-like protein 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2p1p__assembly_1__model_1

2p1p__assembly_1__model_1 | I(q)

2p1p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Mechanism of Auxin Perception by the TIR1 ubiquitin ligase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SKP1-like protein 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2p1p__assembly_1__model_1

2p1p__assembly_1__model_1 | I(q)

2p1p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)