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2p39

Crystal structure of human FGF23

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 52.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibroblast growth factor 23

Homo sapiens

UniProt Q9GZV9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–179 未记录 1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose-(2-1)-2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris-HCl, 1.0 M (NH4)2SO4, 10 mM [Co(NH3)6]Cl3, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.50 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2P39 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5W21 Crystal Structure of a 1:1:1 FGF23-FGFR1c-aKlotho Ternary Complex 提交 2017-06-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 25–204（180 aa） 片段：UNP residues 25-204
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；22% PEG350 MME, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM reduced glutathione, 1 mM oxidized glutathione
分辨率 3.00 Å R-free 0.278
6S22 Crystal structure of the TgGalNAc-T3 in complex with UDP, manganese and FGF23c 提交 2019-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 170–181（12 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 SO4 SULFATE ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus precipitant mix 4, nitrate phosphate buffer and Morpheus buffer System 1
分辨率 1.96 Å R-free 0.216
7YSH Cryo-EM Structure of FGF23-FGFR1c-aKlotho-HS Quaternary Complex 提交 2022-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 25–251（227 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
7YSU Cryo-EM Structure of FGF23-FGFR3c-aKlotho-HS Quaternary Complex 提交 2022-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 25–203（179 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7YSW Cryo-EM Structure of FGF23-FGFR4-aKlotho-HS Quaternary Complex 提交 2022-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 25–203（179 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGF23_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–155； UniProt 25–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2p39

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2p39
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2p39
沉积日期 deposition_date2007-03-08
结构标题 titleCrystal structure of human FGF23
关键词 keywordsatypical beta-trefoil fold, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.94 Å
零角强度 I(0) i06013080.00
分子量 molecular_weight16701.0 kDa
排除体积 excluded_volume20388 ų
包络体积 envelope_volume23362 ų
水化壳体积 shell_volume13338 ų
包络直径 envelope_diameter52.2 Å
壳层 Rg shell_rg20.69 Å
包络 Rg envelope_rg15.34 Å
形状 Rg shape_rg14.88 Å
总 Rg total_rg16.13 Å
总原子数 total_atoms1168
残基数 n_residues142
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.5 Å
Rg (实空间) rg_real15.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real6.0130e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3420e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6013000.0000
解质量估计 total_estimate0.8088
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.2 Å
偏度 Skewness skewness0.120
峰度 Kurtosis kurtosis-0.378
角度范围 angular_range— – 0.4950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha813300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2p39a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2p39A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)