SAXSdb — 2p4t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrofolate reductase type 2

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DYR21_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–62； UniProt 17–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2p4t
沉积日期 deposition_date	2007-03-13
结构标题 title	Structure of the Q67H mutant of R67 dihydrofolate reductase-NADP+ complex reveals a novel cofactor binding mode
关键词 keywords	bacterial infections, folate metabolism, NADP+, R67 DHFR, Symmetric binding, trimethoprim-resistance, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2p4t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2p4t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2p4t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.19 Å
Rg（电子密度）	17.07 Å
总 Rg	18.08 Å
原子数	1884
残基数	232
排除体积	32706 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2p4t__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dihydrofolate reductase type 2
分子量 formula_weight	6742.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.1.3
突变 mutation	Residues 1-16 are cleaved and Q67H mutation
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	549

VFPSNATFGMGDRVRKKSGAAWQGQIVGWYCTNLTPEGYAVESEAHPGSVHIYPVAALERIN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	78

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2p4ta_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.4 — Electron transport accessory proteins
家族 Family family	b.34.4.1 — R67 dihydrofolate reductase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2p4tA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	67.460 Å
晶胞边长 b length_b	67.460 Å
晶胞边长 c length_c	52.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.150 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2150

Structure of the Q67H mutant of R67 dihydrofolate reductase-NADP+ complex reveals a novel cofactor binding mode

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrofolate reductase type 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2p4t__assembly_1__model_1

2p4t__assembly_1__model_1 | I(q)

2p4t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (4)

Structure of the Q67H mutant of R67 dihydrofolate reductase-NADP+ complex reveals a novel cofactor binding mode

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrofolate reductase type 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2p4t__assembly_1__model_1

2p4t__assembly_1__model_1 | I(q)

2p4t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (4)