SAXSdb — 2p58

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative type III secretion protein YscE

Yersinia pestis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Putative type III secretion protein YscF × 1 （Q7ARI0） Putative type III secretion protein YscG × 1 （Q7ARH9） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7ARI1_YERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–65； UniProt 2–66

Putative type III secretion protein YscF

Yersinia pestis

UniProt Q7ARI0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Putative type III secretion protein YscE × 1 （Q7ARI1） Putative type III secretion protein YscG × 1 （Q7ARH9） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7ARI0_YERPE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–86； UniProt 2–87

Putative type III secretion protein YscG

Yersinia pestis

UniProt Q7ARH9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Putative type III secretion protein YscE × 1 （Q7ARI1） Putative type III secretion protein YscF × 1 （Q7ARI0） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7ARH9_YERPE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–116； UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2p58
沉积日期 deposition_date	2007-03-14
结构标题 title	Structure of the Yersinia pestis Type III secretion system needle protein YscF in complex with its chaperones YscE/YscG
关键词 keywords	type III secretion system, needle protein, YscE, YscF, YscG, TRANSPORT PROTEIN-CHAPERONE COMPLEX; TRANSPORT PROTEIN/CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2p58__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2p58__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2p58__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.30 Å
Rg（电子密度）	18.23 Å
总 Rg	19.29 Å
原子数	1630
残基数	196
排除体积	29305 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2p58__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative type III secretion protein YscE
分子量 formula_weight	7673.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1857

TQLEEQLHNVETVRSITMQLEMALTKLKKDMMRGGDAKQYQVWQRESKALESAIAIIHYVAGDLK

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia pestis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	632
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative type III secretion protein YscF
分子量 formula_weight	9463.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SNFSGFTKGTDIADLDAVAQTLKKPADDANKAVNDSIAALKDKPDNPALLADLQHSINKWSVIYNINSTIVRSMKDLMQGILQKFP

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia pestis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	632
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Putative type III secretion protein YscG
分子量 formula_weight	13313.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SMKYKLNVLLAEIALIGTGNHYHEEANCIAEWLHLKGEEEAVQLIRLSSLMNRGDYASALQQGNKLAYPDLEPWLALCEYRLGLGSALESRLNRLARSQDPRIQTFVNGMREQLKT

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia pestis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	632
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	227

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2p58A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	2p58C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

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晶胞边长 a length_a	74.500 Å
晶胞边长 b length_b	94.540 Å
晶胞边长 c length_c	31.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1901
R_work r_work	0.1901
R_free r_free	0.2214

Structure of the Yersinia pestis Type III secretion system needle protein YscF in complex with its chaperones YscE/YscG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative type III secretion protein YscE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative type III secretion protein YscF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative type III secretion protein YscG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2p58__assembly_1__model_1

2p58__assembly_1__model_1 | I(q)

2p58__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the Yersinia pestis Type III secretion system needle protein YscF in complex with its chaperones YscE/YscG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative type III secretion protein YscE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative type III secretion protein YscF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative type III secretion protein YscG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2p58__assembly_1__model_1

2p58__assembly_1__model_1 | I(q)

2p58__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)