SAXSdb — 2p5t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative transcriptional regulator PezA

Streptococcus pneumoniae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PezT × 2 （Q97QZ1）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	fragment of PezA helix-turn-helix motif × 1 PezT × 2 （Q97QZ1）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PezT × 2 （Q97QZ1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q97QZ2_STRPN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 C； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 E； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 G； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

PezT

Streptococcus pneumoniae

UniProt Q97QZ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Putative transcriptional regulator PezA × 2 （Q97QZ2）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	fragment of PezA helix-turn-helix motif × 1 Putative transcriptional regulator PezA × 2 （Q97QZ2）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Putative transcriptional regulator PezA × 2 （Q97QZ2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q97QZ1_STRPN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 D； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 F； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 H； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2p5t
沉积日期 deposition_date	2007-03-16
结构标题 title	Molecular and structural characterization of the PezAT chromosomal toxin-antitoxin system of the human pathogen Streptococcus pneumoniae
关键词 keywords	postsegregational killing system, phosphoryltransferase, helix-turn-helix motif, TRANSCRIPTION REGULATOR; TRANSCRIPTION REGULATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2p5t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2p5t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2p5t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.69 Å
Rg（电子密度）	30.21 Å
总 Rg	30.83 Å
原子数	5507
残基数	676
排除体积	98173 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2p5t__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2p5t__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2p5t__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	fragment of PezA helix-turn-helix motif
分子量 formula_weight	2826.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	11093

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative transcriptional regulator PezA
分子量 formula_weight	18267.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G

MIGKNIKSLRKTHDLTQLEFARIVGISRNSLSRYENGTSSVSTELIDIICQKFNVSYVDIVGEDKMLNPVEDYELTLKIEIVKERGANLLSRLYRYQDSQGISIDDESNPWILMSDDLSDLIHTNIYLVETFDEIERYSGYLDGIERMLEISEKRMVA

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	170187
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PezT
分子量 formula_weight	29106.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MEIQDYTDSEFKHALARNLRSLTRGKKSSKQPIAILLGGQSGAGKTTIHRIKQKEFQGNIVIIDGDSFRSQHPHYLELQQEYGKDSVEYTKDFAGKMVESLVTKLSSLGYNLLIEGTLRTVDVPKKTAQLLKNKGYEVQLALIATKPELSYLSTLIRYEELYIINPNQARATPKEHHDFIVNHLVDNTRKLEELAIFERIQIYQRDRSCVYDSKENTTSAADVLQELFFGEWSQVEKEMLQVGEKRLNELLEK

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2p5tA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	2p5tB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2p5tC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	2p5tD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2p5tE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	2p5tF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2p5tG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	2p5tH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	80.520 Å
晶胞边长 b length_b	102.860 Å
晶胞边长 c length_c	254.440 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	47.670 Å
R 因子 r_factor	0.2169
R_work r_work	0.2137
R_free r_free	0.2773

Molecular and structural characterization of the PezAT chromosomal toxin-antitoxin system of the human pathogen Streptococcus pneumoniae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative transcriptional regulator PezA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PezT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2p5t__assembly_1__model_1

2p5t__assembly_1__model_1 | I(q)

2p5t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Molecular and structural characterization of the PezAT chromosomal toxin-antitoxin system of the human pathogen Streptococcus pneumoniae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative transcriptional regulator PezA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PezT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2p5t__assembly_1__model_1

2p5t__assembly_1__model_1 | I(q)

2p5t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)