Possible prolidase
Bifidobacterium longum NCC2705
当前结构中的状态
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 | 单体 | 蛋白 1 | water × 1 | 与蛋白数一致 |
数据库中的同蛋白其他状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | Q8G4D5_BIFLO |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 4–450； UniProt 2–448 |
2p9b
Crystal structure of putative prolidase from Bifidobacterium longum
1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
2. 结构基本信息 2. Structure Basics
| 条目编号 entry_id | 2p9b |
| 沉积日期 deposition_date | 2007-03-24 |
| 结构标题 title | Crystal structure of putative prolidase from Bifidobacterium longum |
| 关键词 keywords | ;Protein Structure Initiative II, PSI-2, 9350a, Amidohydrolase, Prolidase, Structural Genomics, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC, HYDROLASE ;; HYDROLASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles
页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。
2p9b__assembly_1__model_1
Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
2p9b__assembly_1__model_1 | I(q)
2p9b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending
| Rg（Guinier） | 21.74 Å |
| Rg（电子密度） | 20.79 Å |
| 总 Rg | 21.59 Å |
| 原子数 | 2988 |
| 残基数 | 397 |
| 排除体积 | 53365 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment
5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)
6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains
SCOP 2.08 (2 domains)
| 结构域编号 domain_id | d2p9ba1 |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.92 — Composite domain of metallo-dependent hydrolases |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.92.1 — Composite domain of metallo-dependent hydrolases |
| 家族 Family family | b.92.1.10 — Imidazolonepropionase-like |
| 结构域编号 domain_id | d2p9ba2 |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.1 — TIM beta/alpha-barrel |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases |
| 家族 Family family | c.1.9.17 — Imidazolonepropionase-like |
CATH v4.4 (4 domains)
| 结构域编号 domain_id | 2p9bA01 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — Roll |
| 拓扑 Topology topology | 40 — Urease, subunit C; domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Urease, subunit C, domain 1 |
| 结构域编号 domain_id | 2p9bA02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 110 — Translation Initiation Factor IF3 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 90 — Amidohydrolase |
| 结构域编号 domain_id | 2p9bA03 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 50 — Rossmann fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10910 — Amidohydrolase |
| 结构域编号 domain_id | 2p9bA04 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 20 — Up-down Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 520 — Amidohydrolase |