SAXSdb — 2p9r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-2-macroglobulin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 126–227	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；11% PEG 3350, 200mM di-ammonium hydrogen citrate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 126–227	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；11% PEG 3350, 200mM di-ammonium hydrogen citrate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2P9R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AYO RECEPTOR BINDING DOMAIN OF BOVINE ALPHA-2-MACROGLOBULIN 提交 1997-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1338–1468（131 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 B 1338–1468（131 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.9；38% PEGMMES 2000, 25 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 6.9	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
1BV8 RECEPTOR DOMAIN FROM ALPHA-2-MACROGLOBULIN 提交 1998-09-22	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1337–1474（138 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 1	分辨率未提供
6TAV Crystal structure of endopeptidase-induced alpha2-macroglobulin 提交 2019-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1474（1474 aa）链 B 1–1474（1474 aa）链 C 1–1474（1474 aa）链 D 1–1474（1474 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Equivolumetric drops consisting of 0.2M tribasic ammonium citrate, pH6.4, 15% (w/v) polyethylene glycol 3350, plus 0.05M sodium fluoride as an additive, and protein solution at 4.9 absorption units at lambda=280nm yielded a single large well-shaped monocrystal after several months. This crystal could not be reproduced despite extensive trials.	分辨率 4.20 Å R-free 0.282
7O7L (h-alpha2M)4 native I 提交 2021-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1474（1474 aa）链 B 1–1474（1474 aa）链 C 1–1474（1474 aa）链 D 1–1474（1474 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7O7M (h-alpha2M)4 native II 提交 2021-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1474（1474 aa）链 B 1–1474（1474 aa）链 C 1–1474（1474 aa）链 D 1–1474（1474 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
7O7N (h-alpha2M)4 semiactivated I state 提交 2021-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1474（1474 aa）链 B 1–1474（1474 aa）链 C 1–1474（1474 aa）链 D 1–1474（1474 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.30 Å
7O7O (h-alpha2M)4 semiactivated II state 提交 2021-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1474（1474 aa）链 B 1–1474（1474 aa）链 C 1–1474（1474 aa）链 D 1–1474（1474 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7O7P (h-alpha2M)4 activated state 提交 2021-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1474（1474 aa）链 B 1–1474（1474 aa）链 C 1–1474（1474 aa）链 D 1–1474（1474 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7O7Q (h-alpha2M)4 trypsin-activated state 提交 2021-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1474（1474 aa）链 B 1–1474（1474 aa）链 C 1–1474（1474 aa）链 D 1–1474（1474 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7O7R (h-alpha2M)4 plasmin-activated I state 提交 2021-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1474（1474 aa）链 B 1–1474（1474 aa）链 C 1–1474（1474 aa）链 D 1–1474（1474 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7O7S (h-alpha2M)4 plasmin-activated II state 提交 2021-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1474（1474 aa）链 B 1–1474（1474 aa）链 C 1–1474（1474 aa）链 D 1–1474（1474 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7VON Native alpha-2-macroglobulin monomer 提交 2021-10-14	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–1468（1442 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.20 Å
7VOO Induced alpha-2-macroglobulin monomer 提交 2021-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–1335（1309 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–102； UniProt 126–227 作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 126–227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2p9r
沉积日期 deposition_date	2007-03-26
结构标题 title	Human alpha2-macroglogulin is composed of multiple domains, as predicted by homology with complement component C3
关键词 keywords	human alpha2-macroglobulin, MG2 domain, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.86 Å
零角强度 I(0) i0	8750030.00
分子量 molecular_weight	22721.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28828 Å³
包络体积 envelope_volume	33293 Å³
水化壳体积 shell_volume	16151 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.7 Å
壳层 Rg shell_rg	23.47 Å
包络 Rg envelope_rg	18.23 Å
形状 Rg shape_rg	17.82 Å
总 Rg total_rg	18.91 Å
总原子数 total_atoms	1611
残基数 n_residues	199
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.8 Å
Rg (实空间) rg_real	18.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7500e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7656
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.115
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	1970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.670; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2p9ra_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.29 — Macroglobulin
家族 Family family	b.1.29.3 — Complement C3 MG2-like

结构域编号 domain_id	d2p9rb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.29 — Macroglobulin
家族 Family family	b.1.29.3 — Complement C3 MG2-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2p9rA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	2p9rB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.810 Å
晶胞边长 b length_b	68.810 Å
晶胞边长 c length_c	120.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.700 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2440
R_free r_free	0.2810

描述 description	Alpha-2-macroglobulin
分子量 formula_weight	11674.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1676

Human alpha2-macroglogulin is composed of multiple domains, as predicted by homology with complement component C3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-2-macroglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

fit	/app/data/saxs_computation/p9/2p9r/2p9r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p9/2p9r/2p9r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p9/2p9r/2p9r.dat