2pe5

Crystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed state

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose operon repressor

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(DAPDAPDTPDTPDGPDTPDGPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDCPDAPDCPDAPDAPDTPDT)-3') ; × 2 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(DAPDAPDTPDTPDGPDTPDGPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDCPDAPDCPDAPDAPDTPDT)-3') ; × 2 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LACI_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–330； UniProt 2–331 作者链 B； PDB构建体 1–330； UniProt 2–331 作者链 C； PDB构建体 1–330； UniProt 2–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pe5
沉积日期 deposition_date	2007-04-02
结构标题 title	Crystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed state
关键词 keywords	;Lac repressor, allosteric effectors, gene regulation, DNA-binding, Transcription, Transcription regulation, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pe5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pe5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pe5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.15 Å
Rg（电子密度）	29.84 Å
总 Rg	30.52 Å
原子数	5689
残基数	692
排除体积	99233 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2pe5__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2pe5__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DAPDAPDTPDTPDGPDTPDGPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDCPDAPDCPDAPDAPDTPDT)-3') ;
分子量 formula_weight	6133.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E,F
原子数 atom_count	8527

AATTGTGAGCGCTCACAATT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lactose operon repressor
分子量 formula_weight	35410.4 kDa
突变 mutation	S61L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

KPVTLYDVAEYAGVSYQTVSRVVNQASHVSAKTREKVEAAMAELNYIPNRVAQQLAGKQLLLIGVATSSLALHAPSQIVAAIKSRADQLGASVVVSMVERSGVEACKAAVHNLLAQRVSGLIINYPLDDQDAIAVEAACTNVPALFLDVSDQTPINSIIFSHEDGTRLGVEHLVALGHQQIALLAGPLSSVSARLRLAGWHKYLTRNQIQPIAEREGDWSAMSGFQQTMQMLNEGIVPTAMLVANDQMALGAMRAITESGLRVGADISVVGYDDTEDSSCYIPPLTTIKQDFRLLGQTSVDRLLQLSQGQAVKGNQLLPVSLVKRKTTLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside
分子量 formula_weight	301.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2pe5a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator

结构域编号 domain_id	d2pe5a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

结构域编号 domain_id	d2pe5b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator

结构域编号 domain_id	d2pe5b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

结构域编号 domain_id	d2pe5c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator

结构域编号 domain_id	d2pe5c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2pe5A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	2pe5A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	2pe5A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	2pe5B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	2pe5B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	2pe5B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	2pe5C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	2pe5C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	2pe5C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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晶胞边长 a length_a	253.080 Å
晶胞边长 b length_b	253.080 Å
晶胞边长 c length_c	203.247 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	54

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.980 Å
R 因子 r_factor	0.2362
R_work r_work	0.2335
R_free r_free	0.2866

Crystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose operon repressor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pe5__assembly_1__model_1

2pe5__assembly_1__model_1 | I(q)

2pe5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose operon repressor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pe5__assembly_1__model_1

2pe5__assembly_1__model_1 | I(q)

2pe5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)