2pei

Crystal structure of selenomethionine-labeled RbcX

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF134

Synechococcus sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q44177_SYNP2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 B； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 C； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 D； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 E； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 F； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 G； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 H； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 I； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 J； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 K； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 L； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pei
沉积日期 deposition_date	2007-04-03
结构标题 title	Crystal structure of selenomethionine-labeled RbcX
关键词 keywords	helix bundle, protein complex assembly, chaperone; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pei__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pei__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pei__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.31 Å
Rg（电子密度）	19.45 Å
总 Rg	20.24 Å
原子数	1673
残基数	208
排除体积	30037 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2pei__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2pei__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2pei__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2pei__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2pei__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2pei__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2peia1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peib_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peic_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peid_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peie_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peif_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peig_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peih_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peii_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peij_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peik_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

结构域编号 domain_id	d2peil_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.1 — RbcX-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2peiA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	2peiL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

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晶胞边长 a length_a	70.362 Å
晶胞边长 b length_b	71.102 Å
晶胞边长 c length_c	113.162 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.58 °
晶胞夹角 β angle_beta	81.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	80.09 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2620

描述 description	ORF134
分子量 formula_weight	12847.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	10068

Crystal structure of selenomethionine-labeled RbcX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF134

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pei__assembly_1__model_1

2pei__assembly_1__model_1 | I(q)

2pei__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Synechococcus sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	42

Crystal structure of selenomethionine-labeled RbcX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF134

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pei__assembly_1__model_1

2pei__assembly_1__model_1 | I(q)

2pei__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)