← 返回搜索
2pg8

Crystal structure of R254K mutanat of DpgC with bound substrate analog

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DpgC

Streptomyces toyocaensis

UniProt Q8KLK7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 ;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (3R)-4-({3-[(2-{[(3,5-DIHYDROXYPHENYL)ACETYL]AMINO}ETHYL)AMINO]-3-OXOPROPYL}AMINO)-3-HYDROXY-2,2-DIMETHYL-4-OXOBUTYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE ; × 6 OXYGEN MOLECULE × 4 water × 6 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 ;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (3R)-4-({3-[(2-{[(3,5-DIHYDROXYPHENYL)ACETYL]AMINO}ETHYL)AMINO]-3-OXOPROPYL}AMINO)-3-HYDROXY-2,2-DIMETHYL-4-OXOBUTYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE ; × 3 OXYGEN MOLECULE × 2 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
2np9 2np9 2pg8 2pg8 4ylh 4ylh 5kag 5kag 5kah 5kah 5kaj 5kaj

共 14 个 assembly，这里只显示前 12 个

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8KLK7_STRTO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–417； UniProt 10–426 作者链 B； PDB构建体 1–417； UniProt 10–426 作者链 C； PDB构建体 1–417； UniProt 10–426

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2pg8
沉积日期 deposition_date2007-04-09
结构标题 titleCrystal structure of R254K mutanat of DpgC with bound substrate analog
关键词 keywordsProtein-ligand complex, LIGAND BINDING PROTEIN; LIGAND BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pg8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pg8__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pg8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）42.83 Å
Rg（电子密度）42.14 Å
总 Rg42.36 Å
原子数19600
残基数2498
排除体积346270 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2pg8__assembly_1__model_1 hexameric （6） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2pg8__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2pg8A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1300 —
结构域编号 domain_id2pg8A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id2pg8B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1300 —
结构域编号 domain_id2pg8B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id2pg8C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1300 —
结构域编号 domain_id2pg8C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
▶

7. 引用文献 (2)