2pi8

Crystal structure of E. coli MltA with bound chitohexaose

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Membrane-bound lytic murein transglycosylase A

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 4	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 PHOSPHATE ION × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLTA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–345； UniProt 22–365 作者链 B； PDB构建体 2–345； UniProt 22–365 作者链 C； PDB构建体 2–345； UniProt 22–365 作者链 D； PDB构建体 2–345； UniProt 22–365

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pi8
沉积日期 deposition_date	2007-04-13
结构标题 title	Crystal structure of E. coli MltA with bound chitohexaose
关键词 keywords	double-psi beta-barrel; protein-sugar complex; lytic transglycosylase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pi8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pi8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.03 Å
Rg（电子密度）	33.21 Å
总 Rg	33.82 Å
原子数	10845
残基数	1301
排除体积	190830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2pi8__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Membrane-bound lytic murein transglycosylase A
分子量 formula_weight	38628.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.-
突变 mutation	D308A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11043

MSSKPTDRGQQYKDGKFTQPFSLVNQPDAVGAPINAGDFAEQINHIRNSSPRLYGNQSNVYNAVQEWLRAGGDTRNMRQFGIDAWQMEGADNYGNVQFTGYYTPVIQARHTRQGEFQYPIYRMPPKRGRLSSRAEIYAGALSDKYILAYSNSLMDNFIMDVQGSGYIDFGDGSPLNFFSYAGKNGHAYRSIGKVLIDRGEVKKEDMSMQAIRHWGETHSEAEVRELLEQNPSFVFFKPQSFAPVKGASAVPLVGRASVASDRSIIPPGTTLIAEVPLLDNNGKFNGQYELRLMVALDVGGAIKGQHFAIYQGIGPEAGHRAGWYNHYGRVWVLKTAPGAGNVFSG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1237.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	198

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2pi8a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.1 — Barwin-like endoglucanases
家族 Family family	b.52.1.4 — MLTA-like

结构域编号 domain_id	d2pi8b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.1 — Barwin-like endoglucanases
家族 Family family	b.52.1.4 — MLTA-like

结构域编号 domain_id	d2pi8c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.1 — Barwin-like endoglucanases
家族 Family family	b.52.1.4 — MLTA-like

结构域编号 domain_id	d2pi8d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.1 — Barwin-like endoglucanases
家族 Family family	b.52.1.4 — MLTA-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2pi8A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RlpA-like domain

结构域编号 domain_id	2pi8A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	240 — Ribosomal Protein L25; Chain P
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Barwin-like endoglucanases

结构域编号 domain_id	2pi8B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RlpA-like domain

结构域编号 domain_id	2pi8B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	240 — Ribosomal Protein L25; Chain P
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Barwin-like endoglucanases

结构域编号 domain_id	2pi8C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RlpA-like domain

结构域编号 domain_id	2pi8C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	240 — Ribosomal Protein L25; Chain P
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Barwin-like endoglucanases

结构域编号 domain_id	2pi8D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RlpA-like domain

结构域编号 domain_id	2pi8D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	240 — Ribosomal Protein L25; Chain P
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Barwin-like endoglucanases

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晶胞边长 a length_a	91.000 Å
晶胞边长 b length_b	91.000 Å
晶胞边长 c length_c	187.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	36.000 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2260

Crystal structure of E. coli MltA with bound chitohexaose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Membrane-bound lytic murein transglycosylase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pi8__assembly_1__model_1

2pi8__assembly_1__model_1 | I(q)

2pi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (4)

Crystal structure of E. coli MltA with bound chitohexaose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Membrane-bound lytic murein transglycosylase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pi8__assembly_1__model_1

2pi8__assembly_1__model_1 | I(q)

2pi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (4)