SAXSdb — 2pk9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent protein kinase PHO85

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PHO85 cyclin PHO80 × 1 （P20052） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PHO85 cyclin PHO80 × 1 （P20052） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHO85 cyclin PHO80 × 2 （P20052） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHO85_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–305； UniProt 1–305 作者链 C； PDB构建体 1–305； UniProt 1–305

PHO85 cyclin PHO80

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P20052

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cyclin-dependent protein kinase PHO85 × 1 （P17157） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cyclin-dependent protein kinase PHO85 × 1 （P17157） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent protein kinase PHO85 × 2 （P17157） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHO80_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 D； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pk9
沉积日期 deposition_date	2007-04-17
结构标题 title	Structure of the Pho85-Pho80 CDK-cyclin Complex of the Phosphate-responsive Signal Transduction Pathway
关键词 keywords	cyclin-dependent kinase, cyclin, SIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE- CELL CYCLE COMPLEX, TRANSFERASE-CELL CYCLE COMPLEX; SIGNALING PROTEIN,TRANSFERASE/CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pk9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pk9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pk9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.24 Å
Rg（电子密度）	25.38 Å
总 Rg	26.30 Å
原子数	4071
残基数	501
排除体积	73329 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2pk9__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2pk9__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2pk9__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent protein kinase PHO85
分子量 formula_weight	36356.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8018

MSSSSQFKQLEKLGNGTYATVYKGLNKTTGVYVALKEVKLDSEEGTPSTAIREISLMKELKHENIVRLYDVIHTENKLTLVFEFMDNDLKKYMDSRTVGNTPRGLELNLVKYFQWQLLQGLAFCHENKILHRDLKPQNLLINKRGQLKLGDFGLARAFGIPVNTFSSEVVTLWYRAPDVLMGSRTYSTSIDIWSCGCILAEMITGKPLFPGTNDEEQLKLIFDIMGTPNESLWPSVTKLPKYNPNIQQRPPRDLRQVLQPHTKEPLDGNLMDFLHGLLQLNPDMRLSAKQALHHPWFAEYYHHASMGGSRSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PHO85 cyclin PHO80
分子量 formula_weight	33273.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MESTSGERSENIHEDQGIPKVILPADFNKCSRTDLVVLISRMLVSLIAINENSATKKSDDQITLTRYHSKIPPNISIFNYFIRLTKFSSLEHCVLMTSLYYIDLLQTVYPDFTLNSLTAHRFLLTATTVATKGLCDSFSTNAHYAKVGGVRCHELNILENDFLKRVNYRIIPRDHNITLCSIEQKQKKFVIDKNALGSLDLDSYSYVNRPKSGYNVLDKYYRRIVQLVGSFNASPDKSRKVDYVLPPNIDIVSESGSQTTQLKGSSSPNSHSSQKRYSEAKDAHIYNKRSKPD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2pk9a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2pk9c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2pk9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	2pk9A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	2pk9B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	2pk9C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	2pk9C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	2pk9D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

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晶胞边长 a length_a	147.775 Å
晶胞边长 b length_b	147.775 Å
晶胞边长 c length_c	211.825 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.906 Å
最低分辨率 resolution_low	15.030 Å
R 因子 r_factor	0.2832
R_work r_work	0.2815
R_free r_free	0.3154

Structure of the Pho85-Pho80 CDK-cyclin Complex of the Phosphate-responsive Signal Transduction Pathway

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent protein kinase PHO85

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PHO85 cyclin PHO80

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pk9__assembly_1__model_1

2pk9__assembly_1__model_1 | I(q)

2pk9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the Pho85-Pho80 CDK-cyclin Complex of the Phosphate-responsive Signal Transduction Pathway

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent protein kinase PHO85

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHO85 cyclin PHO80

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pk9__assembly_1__model_1

2pk9__assembly_1__model_1 | I(q)

2pk9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)