Vibrio vulnificus
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 | 同源多聚体 | 蛋白 2 | MAGNESIUM ION × 1 (4-{[(4-AMINOBUTYL)AMINO]METHYL}-5-HYDROXY-6-METHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 water × 2 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | Q8D594_VIBVU |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 21–419； UniProt 1–399 作者链 B； PDB构建体 21–419； UniProt 1–399 |
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| 条目编号 entry_id | 2plj |
| 沉积日期 deposition_date | 2007-04-19 |
| 结构标题 title | Crystal structure of lysine/ornithine decarboxylase complexed with putrescine from Vibrio vulnificus |
| 关键词 keywords | TYPE IV DECARBOXYLASE, BETA/ALPHA BARREL, BETA BARREL, LYASE; LYASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 28.93 Å |
| Rg（电子密度） | 28.16 Å |
| 总 Rg | 28.91 Å |
| 原子数 | 5754 |
| 残基数 | 739 |
| 排除体积 | 102940 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | 2pljA01 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — Beta Barrel |
| 拓扑 Topology topology | 37 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 |
| 结构域编号 domain_id | 2pljA02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 20 — Alpha-Beta Barrel |
| 拓扑 Topology topology | 20 — TIM Barrel |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Alanine racemase |
| 结构域编号 domain_id | 2pljB01 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — Beta Barrel |
| 拓扑 Topology topology | 37 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 |
| 结构域编号 domain_id | 2pljB02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 20 — Alpha-Beta Barrel |
| 拓扑 Topology topology | 20 — TIM Barrel |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Alanine racemase |