SAXSdb — 2plm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 (2S)-2-AMINO-4-({[(2S,3S,4R,5R)-3,4-DIHYDROXY-5-(6-OXO-1,6-DIHYDRO-9H-PURIN-9-YL)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL}THIO)BUTANOIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 2 (2S)-2-AMINO-4-({[(2S,3S,4R,5R)-3,4-DIHYDROXY-5-(6-OXO-1,6-DIHYDRO-9H-PURIN-9-YL)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL}THIO)BUTANOIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9X034_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–406； UniProt 1–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2plm
沉积日期 deposition_date	2007-04-20
结构标题 title	Crystal structure of the protein TM0936 from Thermotoga maritima complexed with ZN and S-inosylhomocysteine
关键词 keywords	TM0936, function prediction, amidohydrolase, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2plm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2plm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2plm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.73 Å
Rg（电子密度）	20.69 Å
总 Rg	21.53 Å
原子数	3236
残基数	404
排除体积	57845 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2plm__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2plm__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	45824.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3310

MIIGNCLILKDFSSEPFWGAVEIENGTIKRVLQGEVKVDLDLSGKLVMPALFNTHTHAPMTLLRGVAEDLSFEEWLFSKVLPIEDRLTEKMAYYGTILAQMEMARHGIAGFVDMYFHEEWIAKAVRDFGMRALLTRGLVDSNGDDGGRLEENLKLYNEWNGFEGRIFVGFGPHSPYLCSEEYLKRVFDTAKSLNAPVTIHLYETSKEEYDLEDILNIGLKEVKTIAAHCVHLPERYFGVLKDIPFFVSHNPASNLKLGNGIAPVQRMIEHGMKVTLGTDGAASNNSLNLFFEMRLASLLQKAQNPRNLDVNTCLKMVTYDGAQAMGFKSGKIEEGWNADLVVIDLDLPEMFPVQNIKNHLVHAFSGEVFATMVAGKWIYFDGEYPTIDSEEVKRELARIEKELYSS

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-2-AMINO-4-({[(2S,3S,4R,5R)-3,4-DIHYDROXY-5-(6-OXO-1,6-DIHYDRO-9H-PURIN-9-YL)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL}THIO)BUTANOIC ACID
分子量 formula_weight	385.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2plma1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.92 — Composite domain of metallo-dependent hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	b.92.1 — Composite domain of metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	b.92.1.4 — SAH/MTA deaminase-like

结构域编号 domain_id	d2plma2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.9 — SAH/MTA deaminase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2plmA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Urease, subunit C; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, subunit C, domain 1

结构域编号 domain_id	2plmA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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晶胞边长 a length_a	113.278 Å
晶胞边长 b length_b	113.278 Å
晶胞边长 c length_c	80.298 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	24.530 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2380

Crystal structure of the protein TM0936 from Thermotoga maritima complexed with ZN and S-inosylhomocysteine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2plm__assembly_1__model_1

2plm__assembly_1__model_1 | I(q)

2plm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the protein TM0936 from Thermotoga maritima complexed with ZN and S-inosylhomocysteine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2plm__assembly_1__model_1

2plm__assembly_1__model_1 | I(q)

2plm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)