SAXSdb — 2ply

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Selenocysteine-specific elongation factor

Moorella thermoacetica

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	;RNA (5'-R(GPGPCPGPUPUPGPCPCPGPGPUPCPUPGPGPCPAPAPCPGPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 10 SODIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 3 water × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	;RNA (5'-R(GPGPCPGPUPUPGPCPCPGPGPUPCPUPGPGPCPAPAPCPGPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 7 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 2	;RNA (5'-R(GPGPCPGPUPUPGPCPCPGPGPUPCPUPGPGPCPAPAPCPGPCP*C)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 17 SODIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 4 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SELB_MOOTH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–258； UniProt 377–634 作者链 B； PDB构建体 1–258； UniProt 377–634

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ply
沉积日期 deposition_date	2007-04-20
结构标题 title	Structure of the mRNA binding fragment of elongation factor SelB in complex with SECIS RNA.
关键词 keywords	protein-rna, complex, rna, winged helix, selb, SECIS, translation-RNA COMPLEX; translation/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ply__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ply__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ply__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.04 Å
Rg（电子密度）	28.18 Å
总 Rg	28.48 Å
原子数	4313
残基数	456
排除体积	73259 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ply__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ply__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2ply__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GPGPCPGPUPUPGPCPCPGPGPUPCPUPGPGPCPAPAPCPGPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	7386.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E
原子数 atom_count	4422

GGCGUUGCCGGUCUGGCAACGCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Selenocysteine-specific elongation factor
分子量 formula_weight	29741.7 kDa
突变 mutation	S535W, F536V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GSPEKILAQIIQEHREGLDWQEAATRASLSLEETRKLLQSMAAAGQVTLLRVENDLYAISTERYQAWWQAVTRALEEFHSRYPLRPGLAREELRSRYFSRLPARVYQALLEEWSREGRLQLAANTVALAGFTPSFSETQKKLLKDLEDKYRVSRWQPPWVKEVAGSFNLDPSELEELLHYLVREGVLVKINDEFYWHRQALGEAREVIKNLASTGPFGLAEARDALGSSRKYVLPLLEYLDQVKFTRRVGDKRVVVGN

来源 Source

来源生物 organism	Moorella thermoacetica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1525
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	109

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2plya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.35 — C-terminal fragment of elongation factor SelB

结构域编号 domain_id	d2plya2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.35 — C-terminal fragment of elongation factor SelB

结构域编号 domain_id	d2plya3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.35 — C-terminal fragment of elongation factor SelB

结构域编号 domain_id	d2plya4
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.35 — C-terminal fragment of elongation factor SelB

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2plyA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	2plyA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	2plyA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	2plyB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2770 —

结构域编号 domain_id	2plyB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	158.640 Å
晶胞边长 b length_b	120.838 Å
晶胞边长 c length_c	50.865 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	95.350 Å
R 因子 r_factor	0.2298
R_work r_work	0.2268
R_free r_free	0.2869

Structure of the mRNA binding fragment of elongation factor SelB in complex with SECIS RNA.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Selenocysteine-specific elongation factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ply__assembly_3__model_1

2ply__assembly_3__model_1 | I(q)

2ply__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)

Structure of the mRNA binding fragment of elongation factor SelB in complex with SECIS RNA.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Selenocysteine-specific elongation factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ply__assembly_3__model_1

2ply__assembly_3__model_1 | I(q)

2ply__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)