2pms

Crystal structure of the complex of human lactoferrin N-lobe and lactoferrin-binding domain of pneumococcal surface protein A

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactotransferrin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PNEUMOCOCCAL SURFACE PROTEIN A (PSPA) × 1 （Q8DRI0） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CARBONATE ION × 1 FE (III) ION × 1 SULFATE ION × 3 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PNEUMOCOCCAL SURFACE PROTEIN A (PSPA) × 1 （Q8DRI0） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CARBONATE ION × 1 FE (III) ION × 1 SULFATE ION × 3 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5EK51_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–344； UniProt 20–363 作者链 B； PDB构建体 1–344； UniProt 20–363

PNEUMOCOCCAL SURFACE PROTEIN A (PSPA)

Streptococcus pneumoniae

UniProt Q8DRI0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Lactotransferrin × 1 （Q5EK51） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CARBONATE ION × 1 FE (III) ION × 1 SULFATE ION × 3 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Lactotransferrin × 1 （Q5EK51） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CARBONATE ION × 1 FE (III) ION × 1 SULFATE ION × 3 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8DRI0_STRR6
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–125； UniProt 199–319 作者链 D； PDB构建体 5–125； UniProt 199–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pms
沉积日期 deposition_date	2007-04-23
结构标题 title	Crystal structure of the complex of human lactoferrin N-lobe and lactoferrin-binding domain of pneumococcal surface protein A
关键词 keywords	lactoferrin, pneumococcal surface protein A, protein-protein complex, METAL TRANSPORT, HYDROLASE; METAL TRANSPORT, HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pms__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pms__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pms__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.09 Å
Rg（电子密度）	24.53 Å
总 Rg	25.27 Å
原子数	3486
残基数	440
排除体积	61604 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2pms__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2pms__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lactotransferrin
分子量 formula_weight	38279.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6996

GRRRRSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSEEEVAARRA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cells

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PNEUMOCOCCAL SURFACE PROTEIN A (PSPA)
分子量 formula_weight	14120.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSHMDAEEVAPQAKIAELENQVHRLEQELKEIDESESEDYAKEGFRAPLQSKLDAKKAKLSKLEELSDKIDELDAEIAKLEDQLKAAEENNNVEDYFKEGLEKTIAAKKAELEKTEADLKKAVNE

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CARBONATE ION
分子量 formula_weight	60.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2pmsc1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.19 — PspA lactotransferrin-binding region
家族 Family family	h.4.19.1 — PspA lactotransferrin-binding region

结构域编号 domain_id	d2pmsc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2pmsd2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.19 — PspA lactotransferrin-binding region
家族 Family family	h.4.19.1 — PspA lactotransferrin-binding region

结构域编号 domain_id	d2pmsd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2pmsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	2pmsA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	2pmsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	2pmsB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	2pmsC00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 —

结构域编号 domain_id	2pmsD00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 —

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晶胞边长 a length_a	130.180 Å
晶胞边长 b length_b	130.180 Å
晶胞边长 c length_c	80.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.910 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2054
R_work r_work	0.2031
R_free r_free	0.2491

Crystal structure of the complex of human lactoferrin N-lobe and lactoferrin-binding domain of pneumococcal surface protein A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactotransferrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PNEUMOCOCCAL SURFACE PROTEIN A (PSPA)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pms__assembly_1__model_1

2pms__assembly_1__model_1 | I(q)

2pms__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the complex of human lactoferrin N-lobe and lactoferrin-binding domain of pneumococcal surface protein A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactotransferrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PNEUMOCOCCAL SURFACE PROTEIN A (PSPA)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pms__assembly_1__model_1

2pms__assembly_1__model_1 | I(q)

2pms__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)