2pnk

CRYSTAL STRUCTURE OF AN URONATE ISOMERASE (BH0493) FROM BACILLUS HALODURANS C-125 AT 2.00 A RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BH0493 protein

Bacillus halodurans C-125

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 FORMIC ACID × 3 GLYCEROL × 5 UNKNOWN LIGAND × 1 PHOSPHATE ION × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	CHLORIDE ION × 1 FORMIC ACID × 4 GLYCEROL × 4 PHOSPHATE ION × 2 ACETATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 4 FORMIC ACID × 3 GLYCEROL × 7 UNKNOWN LIGAND × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 ACETATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 2 FORMIC ACID × 4 GLYCEROL × 8 UNKNOWN LIGAND × 1 PHOSPHATE ION × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 ACETATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 3 FORMIC ACID × 7 GLYCEROL × 13 UNKNOWN LIGAND × 2 PHOSPHATE ION × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ACETATE ION × 1 water × 6	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 5 FORMIC ACID × 7 GLYCEROL × 11 UNKNOWN LIGAND × 1 PHOSPHATE ION × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 ACETATE ION × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KFI6_BACHD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 B； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 C； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 D； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 E； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 F； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 G； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 H； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 I； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 J； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 K； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427 作者链 L； PDB构建体 2–428； UniProt 1–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pnk
沉积日期 deposition_date	2007-04-24
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF AN URONATE ISOMERASE (BH0493) FROM BACILLUS HALODURANS C-125 AT 2.00 A RESOLUTION
关键词 keywords	URONATE ISOMERASE, STRUCTURAL GENOMICS, JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS, JCSG, PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE, PSI-2, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pnk__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pnk__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pnk__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.39 Å
Rg（电子密度）	42.86 Å
总 Rg	42.87 Å
原子数	20936
残基数	2432
排除体积	373070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2pnk__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2pnk__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2pnk__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2pnk__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2pnk__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2pnk__assembly_6__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BH0493 protein
分子量 formula_weight	50861.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	45764

GMSINSREVLAEKVKNAVNNQPVTDMHTHLFSPNFGEILLWDIDELLTYHYLVAEVMRWTDVSIEAFWAMSKREQADLIWEELFIKRSPVSEACRGVLTCLQGLGLDPATRDLQVYREYFAKKTSEEQVDTVLQLANVSDVVMTNDPFDDNERISWLEGKQPDSRFHAALRLDPLLNEYEQTKHRLRDWGYKVNDEWNEGSIQEVKRFLTDWIERMDPVYMAVSLPPTFSFPEESNRGRIIRDCLLPVAEKHNIPFAMMIGVKKRVHPALGDAGDFVGKASMDGVEHLLREYPNNKFLVTMLSRENQHELVVLARKFSNLMIFGCWWFMNNPEIINEMTRMRMEMLGTSFIPQHSDARVLEQLIYKWHHSKSIIAEVLIDKYDDILQAGWEVTEEEIKRDVADLFSRNFWRFVGRNDHVTSVKVEQQT

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus halodurans C-125
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272558
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3732

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 27 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

结构域编号 domain_id	d2pnka1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnka2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2pnkb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnkc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnkd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnkd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2pnke_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnkf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnkg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnkh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnki_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnkj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnkk2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d2pnkk3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2pnkl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2pnkA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkJ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	2pnkL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

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晶胞边长 a length_a	273.720 Å
晶胞边长 b length_b	158.560 Å
晶胞边长 c length_c	181.240 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.564 Å
R 因子 r_factor	0.1490
R_work r_work	0.1480
R_free r_free	0.1780

CRYSTAL STRUCTURE OF AN URONATE ISOMERASE (BH0493) FROM BACILLUS HALODURANS C-125 AT 2.00 A RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BH0493 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pnk__assembly_5__model_1

2pnk__assembly_5__model_1 | I(q)

2pnk__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 27 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF AN URONATE ISOMERASE (BH0493) FROM BACILLUS HALODURANS C-125 AT 2.00 A RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BH0493 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pnk__assembly_5__model_1

2pnk__assembly_5__model_1 | I(q)

2pnk__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 27 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)