2pr6

Structural Basis for Light-dependent Signaling in the Dimeric LOV Photosensor YtvA (Light Structure)

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Blue-light photoreceptor

Bacillus subtilis

UniProt O34627

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 4 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHOT_BACSU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–132; UniProt 20–147 作者链 B; PDB构建体 5–132; UniProt 20–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2pr6
沉积日期 deposition_date2007-05-03
结构标题 titleStructural Basis for Light-dependent Signaling in the Dimeric LOV Photosensor YtvA (Light Structure)
关键词 keywordslight-oxygen-voltage, LOV, Per-Arnt-Sim, PAS, FLAVOPROTEIN, SIGNALING PROTEIN; FLAVOPROTEIN, SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pr6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pr6__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pr6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)20.53 Å
Rg(电子密度)19.54 Å
总 Rg20.46 Å
原子数2108
残基数253
排除体积37307 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2pr6__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2pr6__assembly_2__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2pr6a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family familyd.110.3.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2pr6b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family familyd.110.3.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2pr6A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — PAS domain
结构域编号 domain_id2pr6B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — PAS domain

7. 引用文献 (1)