2puk

Crystal structure of the binary complex between ferredoxin: thioredoxin reductase and thioredoxin m

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain

Synechocystis sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain × 1 （Q55781） Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M) × 1 （P07591） IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain × 1 （Q55781） Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M) × 1 （P07591） IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q55389_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–109； UniProt 9–116 作者链 E； PDB构建体 2–109； UniProt 9–116

Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain

Synechocystis sp.

UniProt Q55781

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain × 1 （Q55389） Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M) × 1 （P07591） IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain × 1 （Q55389） Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M) × 1 （P07591） IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FTRV_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–73； UniProt 1–73 作者链 F； PDB构建体 1–73； UniProt 1–73

Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M)

Spinacia oleracea

UniProt P07591

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain × 1 （Q55389） Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain × 1 （Q55781） IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain × 1 （Q55389） Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain × 1 （Q55781） IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRXM_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–106； UniProt 75–180 作者链 G； PDB构建体 1–106； UniProt 75–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2puk
沉积日期 deposition_date	2007-05-09
结构标题 title	Crystal structure of the binary complex between ferredoxin: thioredoxin reductase and thioredoxin m
关键词 keywords	Thioredoxin, protein-protein complex, redox, iron-sulfur, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2puk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2puk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2puk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.14 Å
Rg（电子密度）	20.35 Å
总 Rg	20.99 Å
原子数	2288
残基数	287
排除体积	40856 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2puk__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2puk__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain
分子量 formula_weight	12453.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	4578

NNKTLAAMKNFAEQYAKRTDTYFCSDLSVTAVVIEGLARHKEELGSPLCPCRHYEDKEAEVKNTFWNCPCVPMRERKECHCMLFLTPDNDFAGDAQDIPMETLEEVKAS

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1143
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain
分子量 formula_weight	8326.5 kDa
突变 mutation	C40S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MNVGDRVRVTSSVVVYHHPEHKKTAFDLQGMEGEVAAVLTEWQGRPISANLPVLVKFEQRFKAHFRPDEVTLI

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1143
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M)
分子量 formula_weight	11864.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

EVQDVNDSSWKEFVLESEVPVMVDFWAPWCGPSKLIAPVIDELAKEYSGKIAVYKLNTDEAPGIATQYNIRSIPTVLFFKNGERKESIIGAVPKSTLTDSIEKYLS

来源 Source

来源生物 organism	Spinacia oleracea
通用名 common_name	spinach
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d2puka_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.36 — Ferredoxin thioredoxin reductase (FTR), catalytic beta chain
超家族 Superfamily superfamily	g.36.1 — Ferredoxin thioredoxin reductase (FTR), catalytic beta chain
家族 Family family	g.36.1.1 — Ferredoxin thioredoxin reductase (FTR), catalytic beta chain

结构域编号 domain_id	d2pukb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.4 — Electron transport accessory proteins
家族 Family family	b.34.4.3 — Ferredoxin thioredoxin reductase (FTR), alpha (variable) chain

结构域编号 domain_id	d2pukc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

结构域编号 domain_id	d2puke2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.36 — Ferredoxin thioredoxin reductase (FTR), catalytic beta chain
超家族 Superfamily superfamily	g.36.1 — Ferredoxin thioredoxin reductase (FTR), catalytic beta chain
家族 Family family	g.36.1.1 — Ferredoxin thioredoxin reductase (FTR), catalytic beta chain

结构域编号 domain_id	d2puke3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2pukf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.4 — Electron transport accessory proteins
家族 Family family	b.34.4.3 — Ferredoxin thioredoxin reductase (FTR), alpha (variable) chain

结构域编号 domain_id	d2pukg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2pukA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	460 — Ferredoxin Thioredoxin Reductase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit

结构域编号 domain_id	2pukB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2pukC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	2pukE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	460 — Ferredoxin Thioredoxin Reductase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit

结构域编号 domain_id	2pukF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2pukG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

▶

晶胞边长 a length_a	53.952 Å
晶胞边长 b length_b	42.223 Å
晶胞边长 c length_c	145.344 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2840

Crystal structure of the binary complex between ferredoxin: thioredoxin reductase and thioredoxin m

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2puk__assembly_1__model_1

2puk__assembly_1__model_1 | I(q)

2puk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the binary complex between ferredoxin: thioredoxin reductase and thioredoxin m

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin-thioredoxin reductase, catalytic chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Thioredoxin M-type, chloroplast (TRX-M)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2puk__assembly_1__model_1

2puk__assembly_1__model_1 | I(q)

2puk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)