SAXSdb — 2px8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Genome polyprotein [Contains: Capsid protein C (Core protein); Envelope protein M (Matrix protein); Major envelope protein E; Non-structural protein 1 (NS1); Non-structural protein 2A (NS2A); Flavivirin protease NS2B regulatory subunit; Flavivirin protease NS3 catalytic subunit; Non-structural protein 4A (NS4A); Non-structural protein 4B (NS4B); RNA-directed RNA polymerase (EC 2.7.7.48) (NS5)] ;

Murray valley encephalitis virus (strain MVE-1-51)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 TRIPHOSPHATE × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 TRIPHOSPHATE × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GLYCEROL × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_MVEV5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–269； UniProt 2530–2798 作者链 B； PDB构建体 1–269； UniProt 2530–2798

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2px8
沉积日期 deposition_date	2007-05-14
结构标题 title	Crystal structure of the Murray Valley Encephalitis Virus NS5 2'-O Methyltransferase domain in complex with SAH and 7M-GTP
关键词 keywords	;Murray Valley Encephalitis Virus, Methyltransferase, SAH, 7M-GTP, 3PO, Structural Genomics, Oxford Protein Production Facility, OPPF, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2px8__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2px8__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2px8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.58 Å
Rg（电子密度）	18.54 Å
总 Rg	19.51 Å
原子数	2220
残基数	261
排除体积	39119 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2px8__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2px8__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Genome polyprotein [Contains: Capsid protein C (Core protein); Envelope protein M (Matrix protein); Major envelope protein E; Non-structural protein 1 (NS1); Non-structural protein 2A (NS2A); Flavivirin protease NS2B regulatory subunit; Flavivirin protease NS3 catalytic subunit; Non-structural protein 4A (NS4A); Non-structural protein 4B (NS4B); RNA-directed RNA polymerase (EC 2.7.7.48) (NS5)] ;
分子量 formula_weight	30415.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4823

GRAGGRTLGEQWKEKLNAMGKEEFFSYRKEAILEVDRTEARRARREGNKVGGHPVSRGTAKLRWLVERRFVQPIGKVVDLGCGRGGWSYYAATMKNVQEVRGYTKGGPGHEEPMLMQSYGWNIVTMKSGVDVFYKPSEISDTLLCDIGESSPSAEIEEQRTLRILEMVSDWLSRGPKEFCIKILCPYMPKVIEKLESLQRRFGGGLVRVPLSRNSNHEMYWVSGASGNIVHAVNMTSQVLIGRMDKKIWKGPKYEEDVNLGSGTRAVGK

来源 Source

来源生物 organism	Murray valley encephalitis virus (strain MVE-1-51)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	301478
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	539.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	258.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	427

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2px8a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.25 — mRNA cap methylase

结构域编号 domain_id	d2px8b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.25 — mRNA cap methylase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2px8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2px8B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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晶胞边长 a length_a	67.579 Å
晶胞边长 b length_b	87.445 Å
晶胞边长 c length_c	100.914 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1687
R_work r_work	0.1661
R_free r_free	0.2167

Crystal structure of the Murray Valley Encephalitis Virus NS5 2'-O Methyltransferase domain in complex with SAH and 7M-GTP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2px8__assembly_2__model_1

2px8__assembly_2__model_1 | I(q)

2px8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Murray Valley Encephalitis Virus NS5 2'-O Methyltransferase domain in complex with SAH and 7M-GTP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2px8__assembly_2__model_1

2px8__assembly_2__model_1 | I(q)

2px8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)