2pyq

Crystal structure of a duf2853 member protein (jann_4075) from jannaschia sp. ccs1 at 1.500 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

Jannaschia sp. CCS1

UniProt Q28JX0

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q28JX0_JANSC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–114; UniProt 1–113 作者链 B; PDB构建体 2–114; UniProt 1–113 作者链 C; PDB构建体 2–114; UniProt 1–113 作者链 D; PDB构建体 2–114; UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2pyq
沉积日期 deposition_date2007-05-16
结构标题 titleCrystal structure of a duf2853 member protein (jann_4075) from jannaschia sp. ccs1 at 1.500 A resolution
关键词 keywordsStructural genomics, Joint Center for Structural Genomics, JCSG, Protein Structure Initiative, PSI-2, unknown function; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pyq__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pyq__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pyq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)14.79 Å
Rg(电子密度)13.35 Å
总 Rg14.65 Å
原子数846
残基数108
排除体积15202 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2pyq__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2pyq__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2pyq__assembly_3__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 2pyq__assembly_4__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd2pyqa1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.279 — Jann4075-like
超家族 Superfamily superfamilya.279.1 — Jann4075-like
家族 Family familya.279.1.1 — Jann4075-like
结构域编号 domain_idd2pyqa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2pyqb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.279 — Jann4075-like
超家族 Superfamily superfamilya.279.1 — Jann4075-like
家族 Family familya.279.1.1 — Jann4075-like
结构域编号 domain_idd2pyqb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2pyqc2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.279 — Jann4075-like
超家族 Superfamily superfamilya.279.1 — Jann4075-like
家族 Family familya.279.1.1 — Jann4075-like
结构域编号 domain_idd2pyqc3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2pyqd2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.279 — Jann4075-like
超家族 Superfamily superfamilya.279.1 — Jann4075-like
家族 Family familya.279.1.1 — Jann4075-like
结构域编号 domain_idd2pyqd3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2pyqA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — Jann4075-like
结构域编号 domain_id2pyqB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — Jann4075-like
结构域编号 domain_id2pyqC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — Jann4075-like
结构域编号 domain_id2pyqD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — Jann4075-like
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7. 引用文献 (1)