SAXSdb — 2q2e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II DNA topoisomerase VI subunit A

Methanosarcina mazei

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B × 2 （Q8PUB8）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOP6A_METMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–369； UniProt 1–369

Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B

Methanosarcina mazei

UniProt Q8PUB8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Type II DNA topoisomerase VI subunit A × 2 （Q8PUB7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOP6B_METMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–621； UniProt 1–621

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2q2e
沉积日期 deposition_date	2007-05-28
结构标题 title	Crystal structure of the topoisomerase VI holoenzyme from Methanosarcina mazei
关键词 keywords	topoisomerase, DNA-binding, Spo11, ATPase, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2q2e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2q2e__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2q2e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.90 Å
Rg（电子密度）	50.62 Å
总 Rg	50.90 Å
原子数	14078
残基数	1794
排除体积	251950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2q2e__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Type II DNA topoisomerase VI subunit A
分子量 formula_weight	42179.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7039

MEGEKGSKTRKGDALAREKLLEIAEKIYNQFEEEVVPSVSLPSRTKANLEYSDESDVWVYGDRESERSAKTVKGAFQLLKTTYATDFLINEHLARNRGSTLRELYYISEGWDYAKFKEQGESDRLIEDLEILTSLQREYFHMRPEEDGATMFGPIEITEQTKRGERNIHCQKDVGEGGYQIPFNVENIEFQKHDASMIIAIETGGMYARLMENGFDEAYNAILVHLKGQPARSTRRIIKRMNEELGIPVAVFTDGDPWSYRIYASVAYGAIKSAHLSEFMATPAAKFLGLQPSDIVEYELSTDKLTEQDVSALRSELSDPRFESDYWKEQIQLQLDIGKKAEQQAFAGKGLDFVTEVYLPNRLKEMGMI

来源 Source

来源生物 organism	Methanosarcina mazei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2209
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B
分子量 formula_weight	68853.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

METPIAEELAKKQKSISVAEFFEKNRQILGFDSAPRSLITTVKEAVDNALDACEEAGILPDILVQVERTGPDYVTVIIEDNGPGIVREQIPKVFAKLLYGSRFHALKQSRGQQGIGISAAVLYAQMTAGRHTKILSKTSPTAPAHYYELMINTSTNEPDILVDEVRDWFRPHGTQIELEMRAAYVKGRRQSIYEYLKATAIVNPHARITLIDPDGNEEVFERATDKMPEPAEEILPHPEGIELGTLMKMLHYTERQKLAPFLRYSFCKIGLLTAEEICKAAGLDPEIDPHALGRHEARKLIEAFEKVKIMAPPTDCLSPIGEDLIYRGLEKETTVDFIATSTRKPAVYSGNPFVVEVGMAYGGNLPKEEKISIMRFANRVPLLYQQGGCVTTHAVEDIKWKQYGLNQPGGGIPVGPVILLIHVASINVPFTSESKDAIADIPVIKEEIDLAIKEVARKLKHYLSKQSNLKKRREKEIIITKVLPKLAAKVAHVLEKDVPDINPVVAKIMGNLLVHRVIKNNGDGTVDVAIKVKNFGTSAYSFRVHEMLPCKVSGAKPEPKVVTMGNDYDYVWDISASAGSSKVLSYKIESASEEELQKLPQLIVEGIEEELVTGAKAFKGV

来源 Source

来源生物 organism	Methanosarcina mazei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2209
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	2q2eA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	2q2eA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2q2eB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2q2eB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2q2eB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2q2eB04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	2q2eB05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2960 —

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晶胞边长 a length_a	227.812 Å
晶胞边长 b length_b	227.812 Å
晶胞边长 c length_c	208.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.3079
R_work r_work	0.3058
R_free r_free	0.3493

Crystal structure of the topoisomerase VI holoenzyme from Methanosarcina mazei

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II DNA topoisomerase VI subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2q2e__assembly_1__model_1

2q2e__assembly_1__model_1 | I(q)

2q2e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the topoisomerase VI holoenzyme from Methanosarcina mazei

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II DNA topoisomerase VI subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2q2e__assembly_1__model_1

2q2e__assembly_1__model_1 | I(q)

2q2e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)