2q47

Ensemble refinement of the protein crystal structure of a putative phosphoprotein phosphatase from Arabidopsis thaliana gene At1g05000

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tyrosine-protein phosphatase At1g05000

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9ZVN4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 SULFATE ION × 4 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 SULFATE ION × 12 water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Y1500_ARATH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–151; UniProt 52–202 作者链 B; PDB构建体 1–151; UniProt 52–202

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2q47
沉积日期 deposition_date2007-05-31
结构标题 titleEnsemble refinement of the protein crystal structure of a putative phosphoprotein phosphatase from Arabidopsis thaliana gene At1g05000
关键词 keywords;Ensemble Refinement, Refinement Methodology Development, AT1G05000, phosphoprotein phosphatase, Structural Genomics, Protein Structure Initiative, PSI, Center for Eukaryotic Structural Genomics, CESG, UNKNOWN FUNCTION ;; STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2q47__assembly_2__model_2

Assembly 2 · Model 2 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2q47__assembly_2__model_2 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2q47__assembly_2__model_2 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.75 Å
Rg(电子密度)27.92 Å
总 Rg28.73 Å
原子数7404
残基数888
排除体积132760 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2q47__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 2q47__assembly_1__model_2 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 2q47__assembly_1__model_3 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 2q47__assembly_1__model_4 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 2q47__assembly_1__model_5 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 2q47__assembly_1__model_6 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 2q47__assembly_1__model_7 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 2q47__assembly_1__model_8 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 9 2q47__assembly_1__model_9 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 10 2q47__assembly_1__model_10 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 11 2q47__assembly_1__model_11 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 12 2q47__assembly_1__model_12 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 13 2q47__assembly_1__model_13 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 14 2q47__assembly_1__model_14 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 15 2q47__assembly_1__model_15 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 16 2q47__assembly_1__model_16 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2q47__assembly_2__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 2 2q47__assembly_2__model_2 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 3 2q47__assembly_2__model_3 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 4 2q47__assembly_2__model_4 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 5 2q47__assembly_2__model_5 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 6 2q47__assembly_2__model_6 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 7 2q47__assembly_2__model_7 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 8 2q47__assembly_2__model_8 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 9 2q47__assembly_2__model_9 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 10 2q47__assembly_2__model_10 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 11 2q47__assembly_2__model_11 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 12 2q47__assembly_2__model_12 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 13 2q47__assembly_2__model_13 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 14 2q47__assembly_2__model_14 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 15 2q47__assembly_2__model_15 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 16 2q47__assembly_2__model_16 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2q47a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.1 — Dual specificity phosphatase-like
结构域编号 domain_idd2q47b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.1 — Dual specificity phosphatase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2q47A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily
结构域编号 domain_id2q47B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily
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7. 引用文献 (1)