2q4x

Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g16990

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Seed maturation protein PM36 homolog

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9ASY9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 3 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PM36_ARATH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–221; UniProt 1–221 作者链 B; PDB构建体 1–221; UniProt 1–221

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2q4x
沉积日期 deposition_date2007-05-31
结构标题 titleEnsemble refinement of the protein crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g16990
关键词 keywords;Ensemble Refinement, Refinement Methodology Development, TENA_THI-4 DOMAIN, TENA/THI-4/PQQC FAMILY, AT3G16990, Structural Genomics, Protein Structure Initiative, PSI, Center for Eukaryotic Structural Genomics, CESG, PLANT PROTEIN ;; PLANT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2q4x__assembly_2__model_2

Assembly 2 · Model 2 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2q4x__assembly_2__model_2 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2q4x__assembly_2__model_2 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)18.47 Å
Rg(电子密度)16.96 Å
总 Rg18.20 Å
原子数1713
残基数207
排除体积30232 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2q4x__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 2q4x__assembly_1__model_2 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 2q4x__assembly_1__model_3 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 2q4x__assembly_1__model_4 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 2q4x__assembly_1__model_5 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 2q4x__assembly_1__model_6 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 2q4x__assembly_1__model_7 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 2q4x__assembly_1__model_8 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2q4x__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 2 2q4x__assembly_2__model_2 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 3 2q4x__assembly_2__model_3 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 4 2q4x__assembly_2__model_4 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 5 2q4x__assembly_2__model_5 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 6 2q4x__assembly_2__model_6 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 7 2q4x__assembly_2__model_7 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 8 2q4x__assembly_2__model_8 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2q4xa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.132 — Heme oxygenase-like
超家族 Superfamily superfamilya.132.1 — Heme oxygenase-like
家族 Family familya.132.1.3 — TENA/THI-4
结构域编号 domain_idd2q4xb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.132 — Heme oxygenase-like
超家族 Superfamily superfamilya.132.1 — Heme oxygenase-like
家族 Family familya.132.1.3 — TENA/THI-4

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2q4xA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology910 — Heme Oxygenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Heme oxygenase-like
结构域编号 domain_id2q4xB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology910 — Heme Oxygenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Heme oxygenase-like
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7. 引用文献 (2)