SAXSdb — 2q8g

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	POTASSIUM ION × 2 4-[(3-CHLORO-4-{[(2R)-3,3,3-TRIFLUORO-2-HYDROXY-2-METHYLPROPANOYL]AMINO}PHENYL)SULFONYL]-N,N-DIMETHYLBENZAMIDE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–407； UniProt 30–436

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2q8g
沉积日期 deposition_date	2007-06-10
结构标题 title	Structure of pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 in complex with glucose-lowering drug AZD7545
关键词 keywords	GHKL ATPase/kinase family, pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial kinase, glucose-lowering drug AZD7545, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2q8g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2q8g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2q8g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.13 Å
Rg（电子密度）	29.24 Å
总 Rg	29.97 Å
原子数	6020
残基数	736
排除体积	107560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2q8g__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1
分子量 formula_weight	46361.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3337

SDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKDKSAEDAKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYINSPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGVYPPIQVHVTLGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYAQYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSREPKDMTTFRSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-[(3-CHLORO-4-{[(2R)-3,3,3-TRIFLUORO-2-HYDROXY-2-METHYLPROPANOYL]AMINO}PHENYL)SULFONYL]-N,N-DIMETHYLBENZAMIDE
分子量 formula_weight	478.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	315

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2q8ga1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.5 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, N-terminal domain
家族 Family family	a.29.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2q8ga2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family family	d.122.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2q8gA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2q8gA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	96.979 Å
晶胞边长 b length_b	96.979 Å
晶胞边长 c length_c	111.352 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2490

Structure of pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 in complex with glucose-lowering drug AZD7545

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2q8g__assembly_1__model_1

2q8g__assembly_1__model_1 | I(q)

2q8g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 in complex with glucose-lowering drug AZD7545

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2q8g__assembly_1__model_1

2q8g__assembly_1__model_1 | I(q)

2q8g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)