SAXSdb — 2q9n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–380	未记录	LK5 (1S,4R,7AR)-4-BUTOXY-1-[(1R)-1-FORMYLPROPYL]-2,4,5,6,7,7A-HEXAHYDRO-1H-ISOINDOLE-3-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；292 K；0.1M sodium acetate 0.2M ammonium acetate 22% PEG4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.315

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2Q9N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BLS CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PHOSPHONATE DERIVATIVE OF THE ENTEROBACTER CLOACAE P99 CEPHALOSPORINASE: MECHANISTIC INTERPRETATION OF A BETA-LACTAMASE TRANSITION STATE ANALOG 提交 1993-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–381（361 aa）	未记录	IPP (P-IODOPHENYLACETYLAMINO)METHYLPHOSPHINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BLS CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PHOSPHONATE DERIVATIVE OF THE ENTEROBACTER CLOACAE P99 CEPHALOSPORINASE: MECHANISTIC INTERPRETATION OF A BETA-LACTAMASE TRANSITION STATE ANALOG 提交 1993-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–381（361 aa）	未记录	IPP (P-IODOPHENYLACETYLAMINO)METHYLPHOSPHINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1GCE STRUCTURE OF THE BETA-LACTAMASE OF ENTEROBACTER CLOACAE GC1 提交 1999-05-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–381（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；298 K；VAPOR DIFFUSION, WITH 6.7 OR 8.0 MG/ML PROTEIN IN 5-7.5% PEG8000, 20-25MM POTASSIUM PHOSPHATE (MONOBASIC), OVER 12.5 OR 15% PEG8000, 50MM POTASSIUM PHOSPHATE (MONOBASIC) RESERVOIR AT ROOM TEMPERATURE., temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.232
1RGZ Enterobacter cloacae GC1 Class C beta-Lactamase Complexed with Transition-State Analog of Cefotaxime 提交 2003-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–384（363 aa）	未记录	PTX {[(2E)-2-(2-AMINO-1,3-THIAZOL-4-YL)-2-(METHOXYIMINO)ETHANOYL]AMINO}METHYLPHOSPHONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 8000, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 1.37 Å R-free 0.195
1XX2 Refinement of P99 beta-lactamase from Enterobacter cloacae 提交 2004-11-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–381（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；PEG 8000, SODIUM CACODYLATE, MgCl2, NaN3, pH 6.5 - 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.88 Å R-free 0.214
1XX2 Refinement of P99 beta-lactamase from Enterobacter cloacae 提交 2004-11-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–381（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；PEG 8000, SODIUM CACODYLATE, MgCl2, NaN3, pH 6.5 - 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.88 Å R-free 0.214
1Y54 Crystal structure of the native class C beta-lactamase from Enterobacter cloacae 908R complexed with BRL42715 提交 2004-12-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–381（361 aa）	未记录	FDT (7R)-6-FORMYL-7-(1-METHYL-1H-1,2,3-TRIAZOL-4-YL)-4,7-DIHYDRO-1,4-THIAZEPINE-3-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；PEG 6000 30%, bicine 100mM, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.292
2Q9M 4-Substituted Trinems as Broad Spectrum-Lactamase Inhibitors: Structure-based Design, Synthesis and Biological Activity 提交 2007-06-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–380（359 aa）	未记录	LK7 (1R,4S,7AS)-1-(1-FORMYLPROP-1-EN-1-YL)-4-METHOXY-2,4,5,6,7,7A-HEXAHYDRO-1H-ISOINDOLE-3-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.05M Cacodylate, 30% PEG8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.245
3S4X Crystal structure of the Asn152Gly mutant of P99 beta-lactamase 提交 2011-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–381（361 aa）	突变：I16V, A88P, N152G, A299V	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.15 M ammonium sulfate, 30% polyethylene glycol (PEG) 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
3S4X Crystal structure of the Asn152Gly mutant of P99 beta-lactamase 提交 2011-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–381（361 aa）	突变：I16V, A88P, N152G, A299V	SO4 SULFATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.15 M ammonium sulfate, 30% polyethylene glycol (PEG) 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
4XUX Structure of ampC bound to RPX-7009 at 1.75 A 提交 2015-01-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–381（361 aa）片段：UNP residues 21-381	未记录	4D6 Vaborbactam × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；30mg/ml AmpC, 30% PEG3000, 0.1M TRIS, PH 7.0, 0.2M NACL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.186
5HAI P99 beta-lactamase mutant - S64G 提交 2015-12-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–381（361 aa）片段：UNP residues 21-381	突变：S64G	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.1M SPG buffer (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, and glycine) and 25% PEG 1500	分辨率 2.74 Å R-free 0.243
5XHR Crystal structure of P99 beta-lactamase in complex with a penicillin derivative MPC-1 提交 2017-04-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–381（361 aa）片段：UNP residues 21-381	未记录	PXH (2~{R},4~{S})-5,5-dimethyl-2-[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-5-thiophen-2-yl-pentan-2-yl]-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.233
7TI1 Structure of AmpC bound to RPX-7063 at 2.0A 提交 2022-01-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–381（381 aa）	未记录	ZXQ {(3R,7S)-2-hydroxy-3-[2-(thiophen-2-yl)acetamido]-2,3,4,7-tetrahydro-1,2-oxaborepin-7-yl}acetic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；30% PEG3000, 0.1M Tris pH 7.0, 0.2M NaCl	分辨率 2.00 Å R-free 0.214

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMPC_ENTCL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–359； UniProt 22–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2q9n
沉积日期 deposition_date	2007-06-13
结构标题 title	4-Substituted Trinems as Broad Spectrum-Lactamase Inhibitors: Structure-based Design, Synthesis and Biological Activity
关键词 keywords	beta-lactamase inhibitor, tricyclic carbapenem, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.59 Å
零角强度 I(0) i0	24807500.00
分子量 molecular_weight	39299.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49688 Å³
包络体积 envelope_volume	55831 Å³
水化壳体积 shell_volume	23157 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.69 Å
包络 Rg envelope_rg	19.93 Å
形状 Rg shape_rg	19.58 Å
总 Rg total_rg	20.56 Å
总原子数 total_atoms	2773
残基数 n_residues	359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8551
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.210
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.320
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9797000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.706; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-lactamase
分子量 formula_weight	39040.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2897

PVSEKQLAEVVANTITPLMKAQSVPGMAVAVIYQGKPHYYTFGKADIAANKPVTPQTLFELGSISKTFTGVLGGDAIARGEISLDDAVTRYWPQLTGKQWQGIRMLDLATYTAGGLPLQVPDEVTDNASLLRFYQNWQPQWKPGTTRLYANASIGLFGALAVKPSGMPYEQAMTTRVLKPLKLDHTWINVPKAEEAHYAWGYRDGKAVRVSPGMLDAQAYGVKTNVQDMANWVMANMAPENVADASLKQGIALAQSRYWRIGSMYQGLGWEMLNWPVEANTVVEGSDSKVALAPLPVAEVNPPAPPVKASWVHKTGSTGGFGSYVAFIPEKQIGIVMLANTSYPNPARVEAAYHILEAL

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(1S,4R,7AR)-4-BUTOXY-1-[(1R)-1-FORMYLPROPYL]-2,4,5,6,7,7A-HEXAHYDRO-1H-ISOINDOLE-3-CARBOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	309.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	124

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2q9na_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2q9nA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.377 Å
晶胞边长 b length_b	68.984 Å
晶胞边长 c length_c	62.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2630
R_work r_work	0.2630
R_free r_free	0.3150

fit	/app/data/saxs_computation/q9/2q9n/2q9n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q9/2q9n/2q9n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q9/2q9n/2q9n.dat

4-Substituted Trinems as Broad Spectrum-Lactamase Inhibitors: Structure-based Design, Synthesis and Biological Activity

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction