2qby

Crystal structure of a heterodimer of Cdc6/Orc1 initiators bound to origin DNA (from S. solfataricus)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 6 homolog 1

Sulfolobus solfataricus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	DNA (33-MER) × 1 DNA (33-MER) × 1 Cell division control protein 6 homolog 3 × 1 （Q97WM8） SPERMIDINE × 2 POTASSIUM ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC61_SULSO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–386； UniProt 15–397

Cell division control protein 6 homolog 3

Sulfolobus solfataricus

UniProt Q97WM8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	DNA (33-MER) × 1 DNA (33-MER) × 1 Cell division control protein 6 homolog 1 × 1 （Q980N4） SPERMIDINE × 2 POTASSIUM ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC63_SULSO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–384； UniProt 14–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qby
沉积日期 deposition_date	2007-06-18
结构标题 title	Crystal structure of a heterodimer of Cdc6/Orc1 initiators bound to origin DNA (from S. solfataricus)
关键词 keywords	winged-helix domain, helix-turn-helix, AAA+ ATPase domain, protein-DNA complex, double helix, REPLICATION-DNA COMPLEX; REPLICATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qby__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qby__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qby__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.51 Å
Rg（电子密度）	33.11 Å
总 Rg	33.70 Å
原子数	7305
残基数	800
排除体积	127350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qby__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (33-MER)
分子量 formula_weight	10200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	7309

AGATTTTCAGATGAAACGTAGGAAATTTACACT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (33-MER)
分子量 formula_weight	10093.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TGTAAATTTCCTACGTTTCATCTGAAAATCTAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cell division control protein 6 homolog 1
分子量 formula_weight	43922.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GAMSSIFINREYLLPDYIPDELPHREDQIRKIASILAPLYREEKPNNIFIYGLTGTGKTAVVKFVLSKLHKKFLGKFKHVYINTRQIDTPYRVLADLLESLDVKVPFTGLSIAELYRRLVKAVRDYGSQVVIVLDEIDAFVKKYNDDILYKLSRINSEVNKSKISFIGITNDVKFVDLLDPRVKSSLSEEEIIFPPYNAEELEDILTKRAQMAFKPGVLPDNVIKLCAALAAREHGDARRALDLLRVSGEIAERMKDTKVKEEYVYMAKEEIERDRVRDIILTLPFHSKLVLMAVVSISSEENVVSTTGAVYETYLNICKKLGVEAVTQRRVSDIINELDMVGILTAKVVNRGRYGKTKEIGLAVDKNIIVRSLIESDSRFADLWS

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cell division control protein 6 homolog 3
分子量 formula_weight	43468.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GAMEVIKNPKVFIDPLSVFKEIPFREDILRDAAIAIRYFVKNEVKFSNLFLGLTGTGKTFVSKYIFNEIEEVKKEDEEYKDVKQAYVNCREVGGTPQAVLSSLAGKLTGFSVPKHGINLGEYIDKIKNGTRNIRAIIYLDEVDTLVKRRGGDIVLYQLLRSDANISVIMISNDINVRDYMEPRVLSSLGPSVIFKPYDAEQLKFILSKYAEYGLIKGTYDDEILSYIAAISAKEHGDARKAVNLLFRAAQLASGGGIIRKEHVDKAIVDYEQERLIEAVKALPFHYKLALRSLIESEDVMSAHKMYTDLCNKFKQKPLSYRRFSDIISELDMFGIVKIRIINRGRAGGVKKYALVEDKEKVLRALNETFEDSISIGDFDDVGEN

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SPERMIDINE
分子量 formula_weight	145.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2qbyA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2qbyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2qbyA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	2qbyB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2qbyB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2qbyB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	77.649 Å
晶胞边长 b length_b	199.143 Å
晶胞边长 c length_c	213.405 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.350 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2262
R_work r_work	0.2262
R_free r_free	0.2692

Crystal structure of a heterodimer of Cdc6/Orc1 initiators bound to origin DNA (from S. solfataricus)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 6 homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cell division control protein 6 homolog 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qby__assembly_1__model_1

2qby__assembly_1__model_1 | I(q)

2qby__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a heterodimer of Cdc6/Orc1 initiators bound to origin DNA (from S. solfataricus)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 6 homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cell division control protein 6 homolog 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qby__assembly_1__model_1

2qby__assembly_1__model_1 | I(q)

2qby__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)