SAXSdb — 2qfe

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calpain-7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 684–813	片段：Distal C2-Like Domain	BR BROMIDE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；The crystals were grown in 1.4 M NaKPO4 pH 7.0, by mixing equal volumes of the precipitant solution and 13 mg/mL protein in binding buffer (500 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8.0). The crystal was soaked for 1 hour in a solution containing 2 M NaBr., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.45 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2QFE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8UC6 Calpain-7:IST1 Complex 提交 2023-09-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–165（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；294 K；Both proteins were purified and concentrated to 20 mg/ml in buffer containing 25 mM Tris, pH 7.2, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.5 mM EDTA. The proteins were mixed in a 1:2 molar ratio (CAPN7:IST1). Crystals grew at 21 C (294 K) in Rigaku Wizard Cryo condition D5 (25% (v/v) 1,2-Porpanediol, 100 mM Sodium phosphate dibasic/Citric acid pH 4.2, 5% (w/v) PEG 3000, 10% (v/v) Glycerol. Crystals were transferred briefly to crystallization buffer supplemented with 25% added glycerol prior to plunging in liquid nitrogen	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
8UC6 Calpain-7:IST1 Complex 提交 2023-09-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–165（165 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；294 K；Both proteins were purified and concentrated to 20 mg/ml in buffer containing 25 mM Tris, pH 7.2, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.5 mM EDTA. The proteins were mixed in a 1:2 molar ratio (CAPN7:IST1). Crystals grew at 21 C (294 K) in Rigaku Wizard Cryo condition D5 (25% (v/v) 1,2-Porpanediol, 100 mM Sodium phosphate dibasic/Citric acid pH 4.2, 5% (w/v) PEG 3000, 10% (v/v) Glycerol. Crystals were transferred briefly to crystallization buffer supplemented with 25% added glycerol prior to plunging in liquid nitrogen	分辨率 2.70 Å R-free 0.285

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAN7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–148； UniProt 684–813

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qfe
沉积日期 deposition_date	2007-06-27
结构标题 title	Distal C2-Like Domain of Human Calpain-7
关键词 keywords	C2-Like Domain, Hydrolase; Nuclear protein; Protease; Thiol Protease, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.56 Å
零角强度 I(0) i0	6549080.00
分子量 molecular_weight	16682.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19728 Å³
包络体积 envelope_volume	22334 Å³
水化壳体积 shell_volume	13039 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.2 Å
壳层 Rg shell_rg	20.35 Å
包络 Rg envelope_rg	14.91 Å
形状 Rg shape_rg	14.47 Å
总 Rg total_rg	15.75 Å
总原子数 total_atoms	1097
残基数 n_residues	139
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.8 Å
Rg (实空间) rg_real	15.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5490e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4930e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6549000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8818
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.128
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.325
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1021000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.822; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Calpain-7
分子量 formula_weight	16456.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1314

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSPYTLSKRINGKWSGQSAGGCGNFQETHKNNPIYQFHIEKTGPLLIELRGPRQYSVGFEVVTVSTLGDPGPHGFLRKSSGDYRCGFCYLELENIPSGIFNIIPSTFLPKQEGPFFLDFNSIIPIKITQLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	181

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2qfeA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.513 Å
晶胞边长 b length_b	57.513 Å
晶胞边长 c length_c	88.676 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	29.990 Å
R 因子 r_factor	0.1885
R_work r_work	0.1871
R_free r_free	0.2154

fit	/app/data/saxs_computation/qf/2qfe/2qfe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qf/2qfe/2qfe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qf/2qfe/2qfe.dat

Distal C2-Like Domain of Human Calpain-7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calpain-7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction