2qjy

Crystal structure of rhodobacter sphaeroides double mutant with stigmatellin and UQ2

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b

Rhodobacter sphaeroides

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome c1 × 2 （Q3IY11） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （Q02762） STRONTIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 STIGMATELLIN A × 2 (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE × 2 UBIQUINONE-2 × 2 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome c1 × 2 （Q3IY11） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （Q02762） STRONTIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 STIGMATELLIN A × 2 (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE × 2 UBIQUINONE-2 × 2 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome c1 × 2 （Q3IY11） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （Q02762） STRONTIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 STIGMATELLIN A × 2 (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE × 2 UBIQUINONE-2 × 2 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CHLORIDE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYB_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 D； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 G； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 J； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 M； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 P； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

Cytochrome c1

Rhodobacter sphaeroides

UniProt Q3IY11

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome b × 2 （Q02761） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （Q02762） STRONTIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 STIGMATELLIN A × 2 (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE × 2 UBIQUINONE-2 × 2 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome b × 2 （Q02761） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （Q02762） STRONTIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 STIGMATELLIN A × 2 (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE × 2 UBIQUINONE-2 × 2 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome b × 2 （Q02761） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （Q02762） STRONTIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 STIGMATELLIN A × 2 (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE × 2 UBIQUINONE-2 × 2 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CHLORIDE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3IY11_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–263； UniProt 23–285 作者链 E； PDB构建体 1–263； UniProt 23–285 作者链 H； PDB构建体 1–263； UniProt 23–285 作者链 K； PDB构建体 1–263； UniProt 23–285 作者链 N； PDB构建体 1–263； UniProt 23–285 作者链 Q； PDB构建体 1–263； UniProt 23–285

Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

Rhodobacter sphaeroides

UniProt Q02762

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome b × 2 （Q02761） Cytochrome c1 × 2 （Q3IY11） STRONTIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 STIGMATELLIN A × 2 (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE × 2 UBIQUINONE-2 × 2 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome b × 2 （Q02761） Cytochrome c1 × 2 （Q3IY11） STRONTIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 STIGMATELLIN A × 2 (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE × 2 UBIQUINONE-2 × 2 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome b × 2 （Q02761） Cytochrome c1 × 2 （Q3IY11） STRONTIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 STIGMATELLIN A × 2 (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE × 2 UBIQUINONE-2 × 2 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CHLORIDE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UCRI_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187 作者链 F； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187 作者链 I； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187 作者链 L； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187 作者链 O； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187 作者链 R； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qjy
沉积日期 deposition_date	2007-07-09
结构标题 title	Crystal structure of rhodobacter sphaeroides double mutant with stigmatellin and UQ2
关键词 keywords	Cytochrome B, 8 TM helixces Cytochrome C1, 1 c-term TM helix Rieske, 1 N-term TM helix, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qjy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qjy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qjy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.70 Å
Rg（电子密度）	37.33 Å
总 Rg	37.87 Å
原子数	13985
残基数	1726
排除体积	252120 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qjy__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2qjy__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2qjy__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	50157.5 kDa
突变 mutation	S287R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P
原子数 atom_count	42656

MSGIPHDHYEPRTGIEKWLHSRLPIVALAYDTIMIPTPRNLNWMWIWGVVLAFCLVLQIVTGIVLAMHYTPHVDLAFASVEHIMRNVNGGFMLRYLHANGASLFFIAVYLHIFRGLYYGSYKAPREVTWIVGMLIYLAMMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITGLFGAIPGIGHSIQTWLLGGPAVDNATLNRFFSLHYLLPFVIAALVAIHIWAFHSTGNNNPTGVEVRRTSKAEAQKDTVPFWPYFIIKDVFALAVVLLVFFAIVGFMPNYLGHPDNYIEANPLRTPAHIVPEWYFLPFYAILRAFTADVWVVQIANFISFGIIDAKFFGVLAMFGAILVMALVPWLDTSPVRSGRYRPMFKIYFWLLAADFVILTWVGAQQTTFPYDWISLIASAYWFAYFLVILPILGAIEKPVAPPATIEEDFNAHYSPATGGTKTVVAE

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c1
分子量 formula_weight	29374.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N,Q

AGGGHVEDVPFSFEGPFGTFDQHQLQRGLQVYTEVCAACHGMKFVPIRSLSEPGGPELPEDQVRAYATQFTVTDEETGEDREGKPTDHFPHSALENAPDLSLMAKARAGFHGPMGTGISQLFNGIGGPEYIYSVLTGFPEEPPKCAEGHEPDGFYYNRAFQNGSVPDTCKDANGVKTTAGSWIAMPPPLMDDLVEYADGHDASVHAMAEDVSAFLMWAAEPKLMARKQAGFTAVMFLTVLSVLLYLTNKRLWAGVKGKKKTNVHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	19916.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
突变 mutation	V135S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R

MSNAEDHAGTRRDFLYYATAGAGAVATGAAVWPLINQMNPSADVQALASIFVDVSSVEPGVQLTVKFLGKPIFIRRRTEADIELGRSVQLGQLVDTNARNANIDAGAEATDQNRTLDEAGEWLVMWGVCTHLGCSPIGGVSGDFGGWFCPCHGSHYDSAGRIRKGPAPENLPIPLAKFIDETTIQLG

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	STRONTIUM ION
分子量 formula_weight	87.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	STIGMATELLIN A
分子量 formula_weight	514.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE
分子量 formula_weight	661.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-2
分子量 formula_weight	318.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-O-octyl-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	698

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

结构域编号 domain_id	2qjyA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	2qjyB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2qjyB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal

结构域编号 domain_id	2qjyC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	2qjyC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	2qjyD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	2qjyE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2qjyE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal

结构域编号 domain_id	2qjyF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	2qjyF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	2qjyG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	2qjyH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2qjyH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal

结构域编号 domain_id	2qjyI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	2qjyI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	2qjyJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	2qjyK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2qjyK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal

结构域编号 domain_id	2qjyL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	2qjyL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	2qjyM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	2qjyN01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2qjyN02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal

结构域编号 domain_id	2qjyO01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	2qjyO02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	2qjyP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	2qjyQ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2qjyQ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal

结构域编号 domain_id	2qjyR01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	2qjyR02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

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晶胞边长 a length_a	351.891 Å
晶胞边长 b length_b	147.042 Å
晶胞边长 c length_c	161.312 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	18.000 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2510

Crystal structure of rhodobacter sphaeroides double mutant with stigmatellin and UQ2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qjy__assembly_1__model_1

2qjy__assembly_1__model_1 | I(q)

2qjy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

7. 引用文献 (1)