2qk4

Human glycinamide ribonucleotide synthetase

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3

Homo sapiens

UniProt P22102

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 CHLORIDE ION × 1 SULFATE ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GLYCEROL × 2 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 CHLORIDE ION × 1 SULFATE ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GLYCEROL × 2 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PUR2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 23–452; UniProt 1–430 作者链 B; PDB构建体 23–452; UniProt 1–430

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2qk4
沉积日期 deposition_date2007-07-10
结构标题 titleHuman glycinamide ribonucleotide synthetase
关键词 keywordsPURINE SYNTHESIS, ENZYME, PROTEIN-ATP COMPLEX, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qk4__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qk4__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qk4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.47 Å
Rg(电子密度)21.44 Å
总 Rg22.38 Å
原子数3194
残基数424
排除体积57122 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2qk4__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2qk4__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd2qk4a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamilyc.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family familyc.30.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2qk4a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2qk4a3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamilyb.84.2 — Rudiment single hybrid motif
家族 Family familyb.84.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2qk4a4
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2qk4b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamilyc.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family familyc.30.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2qk4b2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2qk4b3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamilyb.84.2 — Rudiment single hybrid motif
家族 Family familyb.84.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2qk4b4
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2qk4A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2qk4A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
结构域编号 domain_id2qk4A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id2qk4A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology600 — Glycinamide Ribonucleotide Synthetase; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id2qk4B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2qk4B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
结构域编号 domain_id2qk4B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id2qk4B04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology600 — Glycinamide Ribonucleotide Synthetase; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-terminal domain
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7. 引用文献 (1)